Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP000730 | 2,342,380 | A→C | L78V (TTG→GTG) | USA300HOU_2199 ← | possible HAD superfamily hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,342,380 | 0 | A | C | 98.9% | 330.6 / NA | 90 | L78V (TTG→GTG) | USA300HOU_2199 | possible HAD superfamily hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (36/53); total (37/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACATTATATTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCAAATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAATTTTTCC > CP000730/2342243‑2342516 | gACATTATATTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATc < 1:264571/141‑1 (MQ=255) cATTATATTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAg < 1:853769/141‑1 (MQ=255) aTTATATTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGa < 1:589808/141‑1 (MQ=255) aTTATATTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGa < 1:757821/141‑1 (MQ=255) tataTTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGaaa > 2:420027/1‑141 (MQ=255) atatTGCTCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGaaaa > 1:767334/1‑141 (MQ=255) tatTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAg > 2:299160/1‑141 (MQ=255) atTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGa < 2:624054/141‑1 (MQ=255) tGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGata < 2:893495/141‑1 (MQ=255) tGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGata < 1:431828/141‑1 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1:594729/141‑1 (MQ=255) atatatCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCa < 2:153429/141‑1 (MQ=255) tatatCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCat < 2:942415/141‑1 (MQ=255) atatcttcaatatcttcaAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCata < 1:162221/141‑1 (MQ=255) tcaatatcttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACt < 2:173854/141‑1 (MQ=255) tcaatatcttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACt < 2:489784/141‑1 (MQ=255) tcttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATcc > 2:228212/1‑141 (MQ=255) tcttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATcc > 2:651955/1‑141 (MQ=255) ttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCAt < 1:838219/141‑1 (MQ=255) ttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCAt > 2:208960/1‑141 (MQ=255) ttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCAt < 1:838269/141‑1 (MQ=255) ttcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTATTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCAt > 2:869393/1‑141 (MQ=255) tcaaATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCAtt > 2:535804/1‑141 (MQ=255) aaTAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTa > 2:216337/1‑141 (MQ=255) aaaaaTGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATcc < 1:387370/141‑1 (MQ=255) aaaaTGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTTTTACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCa > 1:190924/1‑141 (MQ=255) aaaaTGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCa > 2:73141/1‑141 (MQ=255) aaaaTGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCa > 2:738868/1‑141 (MQ=255) aaaTGGTTCGCTCTAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCGAGTGAACATTTTAGCACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCAt < 2:753902/141‑1 (MQ=255) aaTGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATg > 2:128963/1‑141 (MQ=255) aTGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGa < 1:68846/141‑1 (MQ=255) tGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGac < 1:364661/141‑1 (MQ=255) ggTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGaca < 1:259231/141‑1 (MQ=255) gTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGacac > 1:374139/1‑141 (MQ=255) tCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACtt < 2:558197/141‑1 (MQ=255) tCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACtt < 1:518130/141‑1 (MQ=255) cGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACttt < 1:308576/141‑1 (MQ=255) cGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACttt > 2:457543/1‑141 (MQ=255) cTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGa < 1:383307/141‑1 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tttATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGt < 1:766943/141‑1 (MQ=255) atatGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCaa > 1:853949/1‑141 (MQ=255) tGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATAc > 2:212115/1‑141 (MQ=255) tcggATTCAACAGATTCGCCATTAGTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACGTGATCCATTGTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAAGAcagca < 2:963097/138‑1 (MQ=255) tCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATAcagca > 2:456455/1‑141 (MQ=255) tGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGt > 2:86394/1‑141 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1:882131/1‑141 (MQ=255) atatTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTc > 2:245104/1‑141 (MQ=255) atatTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTc > 2:874669/1‑141 (MQ=255) atatTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTc > 1:672720/1‑141 (MQ=255) ttCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCatt < 2:729792/141‑1 (MQ=255) tCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCatta < 1:266566/141‑1 (MQ=255) cGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCattat < 2:146954/141‑1 (MQ=255) gCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCattatt > 1:218729/1‑141 (MQ=255) ttattCCAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATACATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCAttattatta < 1:255582/141‑1 (MQ=255) ccAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTAttagttag > 2:797766/1‑141 (MQ=255) ccAAGTGAACATTTTAGAACTCAAATGAAAAAATATAGTTAAGGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTAttagttag > 2:43660/1‑141 (MQ=255) cAAGTGAACATTTTAGAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATtagttagt > 1:305120/1‑141 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2:29628/1‑141 (MQ=255) gAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAAtttt < 1:613946/141‑1 (MQ=255) gAACTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAAtttt < 1:165649/141‑1 (MQ=255) aCTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAATTTTTc < 2:581246/141‑1 (MQ=255) aCTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAATTTTTc < 1:873458/141‑1 (MQ=255) cTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAATTTTTcc < 2:305120/141‑1 (MQ=255) cTCACATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAATTTTTcc > 1:402330/1‑141 (MQ=255) | GACATTATATTGCGCAGAAATATGACGTAATATATCTTCAATATCTTCAAATAAAAATGGTTCGCTCAAGACTTTCTTTTTATATGTTTCTGATTCAACATATTCGCCATTATTCCAAGTGAACATTTTAGAACTCAAATCAGAAAAGATATGTAATGGTTTAAACGTCATATTAACTTGATCCATTTTATCCATGACACTTTGAAATGTACTTCCTGTCAATACAGCAGTGATCACTTCATTATTATTAGTTAGTTTTTCCAACAATTTTTCC > CP000730/2342243‑2342516 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |