| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,504,889 | 0 | G | A | 29.1% | 120.1 / 49.8 | 89 | intergenic (+193/+211) | USA300HOU_2365/gltT | hypothetical protein/DAACS family dicarboxylate/amino acid:sodium (Na+) or proton (H+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/33); new base A (17/8); total (48/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.53e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCT > CP000730/2504753‑2505026 | cGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCt < 1:7965/141‑1 (MQ=255)cGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCt > 2:55137/1‑141 (MQ=255) aacctggggtcactacgcttcggttcgcctgcgctttagcgcatgcataaaagtccctaacaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCt > 1:394468‑M1/100‑141 (MQ=255) aacctgaggtcactacgcttcggttcgcctgcgctttagcgcatgcataaaagtccctaacaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCt > 1:216834‑M1/100‑141 (MQ=255) acctgaggtagctccgcttcggttcgcctgggcttttgcgcatgcataaaagaccctaacaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGctt > 2:101961‑M1/99‑140 (MQ=255) tGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCg < 1:134882/141‑1 (MQ=255) gATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCTGTTCGCCTGCGCTTTGGCGCTGGCTTAAACCCCCCTAACAA‑CTGAGGTTACTGCGATCAgggttgg > 2:349598/1‑136 (MQ=255) aTTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGcc > 1:175007/1‑141 (MQ=255) aTTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGcc < 2:229875/141‑1 (MQ=255) aTTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGcc < 2:35737/141‑1 (MQ=255) ttCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTg < 1:76723/141‑1 (MQ=255) ttCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTg < 1:576/141‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTgcgc < 2:355180/141‑1 (MQ=255) gAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCATGCGCtaaagcg < 1:298961/141‑7 (MQ=255) aaTCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAgcgc > 1:101961/1‑141 (MQ=255) aTCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 2:72254/1‑141 (MQ=255) aTCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 1:315874/1‑141 (MQ=255) aTCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 1:315892/1‑141 (MQ=255) ttttTCTGCTGCTTTTTATTTTTTAACTACTTTCATCTTGAATACTGCCACTTGCCGTTCATCTGCGCTGT‑GCGCTTCCTTAAGCGCCCCTGACCCCCTGATGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCCTTAGCgcatgca < 2:413888/141‑1 (MQ=255) ttttACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca < 2:145512/141‑1 (MQ=255) cctgcgctttagcgcatgcataaaagtccctaacaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCTTTTCGCCTGCACATTATctcatga < 2:223218‑M1/69‑2 (MQ=255) ccgccccttagcgcatgcataaaagcccctaacaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAATGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgca > 2:405447‑M1/72‑141 (MQ=255) ttACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCCCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATa < 1:252615/141‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaa < 1:315602/141‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaa > 1:112410/1‑141 (MQ=255) tgctTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGAATAAAAGACCCTCACAAACTGCGGTCGCTCCGATCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGccc > 1:140811/1‑141 (MQ=25) tagcgcatgcataaaagtccctaacaacctgaggtcactgcgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAaagtc > 1:305554‑M1/64‑139 (MQ=255) tttttATATTTTAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCTCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACATCCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTa < 2:64048/141‑1 (MQ=255) atgcataaaagtccctaacaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCGCAACGCTTTTTTTCGCCTGCGCATtatcgcatgaatagatgtcccttat < 2:224772‑M1/84‑13 (MQ=255) tataTTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa > 1:352073/1‑141 (MQ=255) tGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTATCAACCTGAGGTCACTGCGCTCCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAg < 2:400734/141‑1 (MQ=255) aaTACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTc < 1:152467/141‑1 (MQ=255) tACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCAc < 1:55137/141‑1 (MQ=255) aCTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑ACGCATGCATTAAAACCCCTTAAAACCTAAGGTCACTACGCTCCGGTTCGCCTCCGCTATAGTGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTTAGGGCaat > 2:270851/1‑139 (MQ=18) ttCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg < 2:187039/141‑1 (MQ=255) ttCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg > 2:285104/1‑141 (MQ=255) acaacctgaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg > 2:112410‑M1/41‑141 (MQ=255) gaggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCGCCGGATCGCCTGCGCATTATCGCATGCATAAAAGTCCCTAACACCCTGCGGTCACTACGcttccgt < 2:116937‑M1/108‑4 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCCCTGCGCTCCGGTTCGCCTGCCCCTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGGCACTACGCTTCGGtt > 1:201095/1‑141 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGtt > 1:212449/1‑141 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGtt > 1:147311/1‑141 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGtt > 1:164659/1‑141 (MQ=255) gAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGtt > 2:134425/1‑141 (MQ=255) aggtcactacgcttccgttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCATTAGCGCATGCATACAAGTCCCtaacacccggcggtctcttctctcccgtt < 2:16997‑M1/109‑15 (MQ=255) aTAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCg < 2:127403/141‑1 (MQ=255) aGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGcc > 2:316752/1‑141 (MQ=255) cactccgcttcggttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAGGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGcc > 1:332618‑M1/29‑141 (MQ=255) cactacgcttcggttcgcctgcgctttaGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGcc > 1:258032‑M1/29‑141 (MQ=255) cactacgcttcggttcgcctgccctttaGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGcc > 1:332613‑M1/29‑141 (MQ=255) cTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGGTCGCCtc > 2:380245/1‑140 (MQ=255) cACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTTCGCTCCGGGTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTgcgc > 1:143931/1‑141 (MQ=255) aattGCCGTTCGCCTTAGCTTT‑GCTCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTTCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCt < 2:10040/139‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCGGAGGTCACTGCGCTCCGGTTAGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTAAGGTCACTACGTGTCTTATCGCCTTCGCATTAgcgg > 2:205679/1‑140 (MQ=14) cTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcttgcat > 1:145578/1‑141 (MQ=255) tGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTTACTACGCTCCGGTTCGGCTGCGCCTTAGCGCATGCATTAAAGGCCCTAACAACCTAAGGTCACTAAGGTTCGGTTCAGCTGCGCTATAGCgcatgcatt > 2:223464/1‑140 (MQ=11) gcgcaaaGCGCAGGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaa < 1:376218‑M1/134‑1 (MQ=255) cgcTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg < 2:34578/107‑1 (MQ=255) cgcTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg > 1:34578/1‑107 (MQ=255) cgtgttgcgttttCATTAAAGACCCTAACCACCTGAGATCACTGCGCTCCGGTTCGCCCGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaa > 2:401567‑M1/14‑141 (MQ=255) gcctggcgcATGAATGAAAACCCCTATGTACCTGCGGTCACGGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCGGACGACCTGCGGTCACTACGCGTCGGTTCGCCTGTGCTTTAGCGCATGCATaaaa < 2:133283/136‑1 (MQ=14) taGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTc > 2:175007‑M1/3‑141 (MQ=255) GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGCGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATCCATaaaagcccc < 2:255674‑M1/141‑5 (MQ=255) GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg < 1:162000‑M1/101‑1 (MQ=255) GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg > 2:162000‑M1/1‑101 (MQ=255) GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc < 1:78332‑M1/141‑1 (MQ=255) GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc < 1:405447‑M1/141‑1 (MQ=255) CGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCt < 1:4999‑M1/141‑1 (MQ=255) GCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTa > 1:137793‑M1/1‑141 (MQ=255) ATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaac > 1:158900‑M1/1‑141 (MQ=255) ATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTAAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaac > 1:72254‑M1/1‑141 (MQ=255) TGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaaca > 1:404771‑M1/1‑141 (MQ=255) TGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGATCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaaca < 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CCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCACTAACAACCTAAGGTCAc < 2:115848‑M1/141‑1 (MQ=255) AACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCTGTTCGCCTGCGCTTTCTCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCCGAGTTCACTAc < 2:305554‑M1/141‑1 (MQ=255) ACAATCAGATGTTACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACg > 2:222389‑M1/1‑141 (MQ=255) CAACCTGAGGTCACTGCGCTCCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGc > 1:316752‑M1/1‑141 (MQ=255) CCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTACGGTCActacggtcc < 2:332038‑M1/141‑5 (MQ=255) tGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCTCTAACAACCGGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTTCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCg > 2:383038/1‑141 (MQ=255) agatCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGtt < 1:85156/138‑1 (MQ=255) gTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg > 1:254944/1‑141 (MQ=255) gTCACTACACTCCCGTTCGGCTTCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAAGTCACTACGCTGCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 2:212449/141‑1 (MQ=14) tCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGc > 1:226850/1‑141 (MQ=255) cACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGcc < 1:9834/141‑1 (MQ=255) aCTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCt > 1:10597/1‑141 (MQ=255) | CGGTAAGTTGATTTCCAATTTGGAATCATTTTACTGCTGCTTTTTATATTTGAAATACTTTCATATTGAATAGCTCCACTTGCCGTTCGCCTGCGCTTT‑GCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCT > CP000730/2504753‑2505026 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |