| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,814 | Δ1 bp | 41.0% | intergenic (+45/+63) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,814 | 0 | A | . | 41.0% | 103.6 / 94.3 | 61 | intergenic (+45/+63) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/20); new base . (4/21); total (20/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGT > CP000730/35676‑35944 | tggaaaTTAGTCTGAATTTAAAGATGTAGAGGATGTCGTGGACAAAGTATTGAATGTTGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCTAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAg < 1:184057/137‑1 (MQ=255) aaTTCTTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAgg > 1:41218/1‑140 (MQ=255) tattCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTAATTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTc < 2:52778/140‑1 (MQ=255) cTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTACTGtt > 2:138272/1‑140 (MQ=255) tAAAGAAGAAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGACCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTACTGTTGCAACGt > 2:218163/1‑140 (MQ=255) aGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTTTAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGGTCAAACAAAAATGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTaaa < 1:249547/140‑1 (MQ=255) tgatCGCATAGAGAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGACGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAg < 2:53014/140‑1 (MQ=255) gatCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTCAAAAAATATAGc < 1:47084/140‑1 (MQ=255) ttGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCAc < 1:226304/140‑1 (MQ=255) gACAAAGTATATAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTGTTTTGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTTTGTTGCAAAGTAAAGAAATATAGCAGACCaatc > 2:1842/1‑137 (MQ=255) aaGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAAttt < 2:215398/140‑1 (MQ=255) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAACATAGACGCTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:246809/1‑140 (MQ=255) aGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTa > 1:93283/1‑140 (MQ=255) gTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAt > 2:251234/1‑140 (MQ=255) tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTTTCATGt > 2:166207/1‑140 (MQ=255) aaTGGAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTc < 2:312840/140‑1 (MQ=255) gTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAgt > 1:26774/1‑140 (MQ=255) gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 2:41218/140‑1 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGCAGGAAAATTTGCAGAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTa > 1:313989/1‑140 (MQ=37) tCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAAc > 1:251246/1‑140 (MQ=255) cAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAACAAAAGATAGCTAACCACTAATTTATCATGTAAGTGTTCGCTTAACt > 1:101589/1‑140 (MQ=255) taAAGTTCTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTa < 1:162188/140‑1 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGAGATCGAATAAAAATAGAAGGATCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCCCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTgg > 2:179566/1‑140 (MQ=255) gtGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATACAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGc < 1:94463/139‑1 (MQ=255) tGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGTAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGTCg < 2:245177/140‑1 (MQ=255) tGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCg < 2:220545/140‑1 (MQ=255) tGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTACCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCGAATTTCGTGGCATGGCg < 1:20256/140‑1 (MQ=255) tGAACAAAAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTACCCCCTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTCCGTGGCATGGCg < 2:74270/140‑1 (MQ=255) aaCAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaa < 2:133742/140‑1 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaaaa < 1:58740/140‑1 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGAGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATCTCAGCGCTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaaaa < 1:168685/140‑1 (MQ=255) gagCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGGTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTCCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATcc < 2:282614/140‑1 (MQ=255) aataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATc > 2:197484/1‑140 (MQ=255) aataaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATc < 2:26774/140‑1 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGa > 1:277841/15‑140 (MQ=11) taaaatTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACGACTAATTTATCATGTCAGTATTCTCTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTg > 2:113808/1‑140 (MQ=255) caaaatagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa < 1:49559/127‑1 (MQ=11) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga < 2:309537/129‑1 (MQ=11) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga < 1:238320/131‑1 (MQ=11) agaagattttaataaAAAT‑GCTGGTTCTGTTTCAAAGT‑AAAAAATATATTTAATCACTAATATATCATGTCATTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTTGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga < 2:95784/131‑1 (MQ=11) gggtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:299989/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GTTGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCCTAGATCTGAAGAGAc < 1:236721/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GCTGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:111494/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGTTTCCGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:8619/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:185617/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCATAGATCTGAAGAGAc < 1:237699/132‑1 (MQ=11) aagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAACATATTGCTATTCACTAATATGGCATGTCACTGTTCTTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 2:266379/132‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTTATCACTAATATATCATTTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGTATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:244745/133‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:114766/133‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGATTTCGTGAGGGGAATTTCGTTGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:307361/133‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCTTGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:131268/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 1:207038/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTGTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:35041/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGATAATCACTAATATATCATGTCAGTTTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATTCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:98734/135‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATAGCATGTCAGTGGTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAGTTTCGTGGCATGGCGAAGATCCGTAGATCTGAAGAGCCCtcc > 1:93107/5‑138 (MQ=11) attttaacaaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:134018/136‑1 (MQ=11) tttaataataaT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATAGATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCTAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:73333/138‑1 (MQ=11) tttaacaaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:191426/138‑1 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AGAAAATATAGCTAATCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt > 2:155442/2‑140 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATTCGTAGATTCGAAGAGACCTGCGGt > 1:246102/2‑140 (MQ=11) cTAATGAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAGTTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTACCATCCTGCTAATCTCGTGGCATGGCGCAAATCCGTAGATCTCACGACACCTGcc > 2:126993/1‑139 (MQ=14) | TGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGT > CP000730/35676‑35944 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |