| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 638,614 | G→T | 100% | T14K (ACA→AAA) | thiD ← | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 100.0% | 110.0 / NA | 37 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (19/18); total (19/18) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAT > CP000730/638477‑638750 | cATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTtttg > 1:260932/1‑140 (MQ=255) ggTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAAcc < 1:18991/140‑1 (MQ=255) tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCaa > 2:311575/1‑140 (MQ=255) tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCaa > 2:71138/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGaaaaa > 1:185077/1‑140 (MQ=255) gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAat < 1:279932/140‑1 (MQ=255) gTTTTCAAATCTGCGTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATGGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCGTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAAGTGAAAAat < 2:236161/140‑1 (MQ=255) ttCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATAtt < 1:123888/140‑1 (MQ=255) tGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAatt > 2:19690/1‑139 (MQ=255) ccTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAACACTTTCTTTAAAGCCATTCAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTtgat < 2:25697/140‑1 (MQ=255) cgcCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGCtt > 1:65765/1‑140 (MQ=255) ccAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAttgt > 2:291558/1‑140 (MQ=255) cACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTGTCGAGCCATTGAGATTCACTCCTACATTAGAATATCCTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaa < 2:122119/140‑1 (MQ=255) cTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTACTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAt < 2:186761/140‑1 (MQ=255) | CATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAT > CP000730/638477‑638750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |