Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 2,298,218 | G→A | 14.8% | S343L (TCG→TTG) | mrp ← | possible ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 2,298,218 | 0 | G | A | 14.8% | 66.8 / 3.7 | 32 | S343L (TCG→TTG) | mrp | possible ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/17); new base A (3/2); total (13/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
CTTAACACAAGAACTTATTTTACCAGCATTCCAAAACAAATCAACATAAAAACGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTAACTTAGTACCGC > CP000730/2298085‑2298353 | cTTAACACAAGAACTTATTTTACCAGCAGTCCAAAACGAATCCACATAAAAACGGACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCtat < 1:42445/140‑1 (MQ=255) cacaAGAACTTATTTTACCAGCATTCCAAAACAAATCAACATAAAAACGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCtatacctt > 2:157332/1‑136 (MQ=255) cacaAGAACTTATTTTACCAGCATTCCAAAACAAATCAACATAAAAACGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAAtt > 2:273991/1‑140 (MQ=255) aCTTATTTTACCAGCATTCCAAAACAAATCAACATAAAAACGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTa < 2:300045/140‑1 (MQ=255) 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aaCGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATATATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCt < 2:290636/140‑1 (MQ=255) aaCGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCt < 1:280667/140‑1 (MQ=255) aCAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTgg < 1:295993/140‑1 (MQ=255) aaTAAAAGTAATTTTGTACGTTAAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTc < 2:73447/140‑1 (MQ=255) tacttttaTTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCAAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCaa > 1:309098/8‑140 (MQ=255) tacttttaTTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCAAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCaa > 2:258707/8‑140 (MQ=255) aaaGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAg < 1:249173/140‑1 (MQ=255) ttttGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATCTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGCCGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTg < 1:222072/140‑1 (MQ=255) tttAGCATTTATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAgg < 2:204676/140‑1 (MQ=255) ctAGCATATATTATACCTCTTCATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGt < 1:131899/139‑1 (MQ=255) gCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAAt > 1:236601/1‑140 (MQ=255) atatTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTccc > 1:62131/1‑140 (MQ=255) tatttGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTTTAAAGGTAATTCTCCATGTAATTGAGTa > 2:15849/1‑140 (MQ=255) tatttGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCACGTAATTGAGTa > 1:126597/1‑140 (MQ=255) tttGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTAtt < 1:258527/140‑1 (MQ=255) tGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTaa > 1:83951/1‑140 (MQ=255) ataACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGc > 2:172807/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTGTGCAATCAAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTCATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTaa < 2:309098/140‑1 (MQ=255) aCTTTTTGTGCAATCAAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTaa < 1:258707/140‑1 (MQ=255) tgCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTTATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTAACTTAGTAc < 1:273991/140‑1 (MQ=255) ggCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTAACTTAGTAc < 1:157332/139‑1 (MQ=255) aaTCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTAACTTAGTACCGc < 1:66271/140‑1 (MQ=255) | CTTAACACAAGAACTTATTTTACCAGCATTCCAAAACAAATCAACATAAAAACGTACAAAATAAAAGTAATTTTGTACGTTTAGCATATATTATACCTATTTATTTGTAGCAGCTATAACTTTTTGTGCAATCGAGCTATAAATTTTACCTAGACGATCATCTGATTGATATATTGACGGTGCAAAATCTTTTGGATTCCAAGATGGTTGCTCTAAAGGTAATTCCCCAAGTAATTGAGTATTAAGTTCATCAGCTAACTTAGTACCGC > CP000730/2298085‑2298353 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |