| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 36492 = | 364 (1.930) | 5 (0.030) | 4/284 | 17.9 | 0.33% | coding (60/675 nt) | tpn | IS431mec transposase |
| ? | CP000730 | = 76259 | 2716 (15.010) | intergenic (+317/‑817) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCTGTATAAATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/36645‑36492‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggctacAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGTGTTAGTATT < CP000730/76259‑76113 CCTGTATCAATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTG < 1:1788005/149‑1CCTGTATAAATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTG > 2:1661547/1‑149 CTGTATTACTGTTTCTAACTCTTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACGAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGG < 2:1059576/149‑1 TGTATAAATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACCATTTAACACGGATGTTCTCACTGTAGCCGTTGGC > 2:581751/1‑149 TATAAATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTc > 2:762730/1‑148 AATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGatcatat > 2:493946/1‑142 AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGG > 1:1493133/1‑99 AGTTGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGG < 2:1493133/99‑1 TCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTTTAATTATAtaataaa > 1:229130/1‑142 AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATT > 1:756830/1‑149 AAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATT > 1:1322849/1‑149 TTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTA > 1:34628/1‑149 TGTAGCCGTTGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCC > 1:1280400/1‑149 GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTCTATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGTGTTAG > 1:489312/1‑149 GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGTGTTAG > 1:106619/1‑149 GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTACATTTGTGTTAG > 1:1156515/1‑149 ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGTGTTAGTATT > 2:1417396/1‑149 ACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGTGTTAGTATT > 1:1641555/1‑149 CCTGTATAAATGTTACCAACATCTCTATTCCATAATACGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATTTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/36645‑36492‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggctacAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGTGTTAGTATT < CP000730/76259‑76113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |