| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 76265 | 2881 (15.270) | 5 (0.030) | 4/284 | 17.9 | 0.18% | intergenic (+323/‑811) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| ? | CP000730 | = 76268 | 2937 (16.230) | intergenic (+326/‑808) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/76113‑76265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagccAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGT < CP000730/76268‑76122 AATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGT < 2:1417396/149‑1AATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGT < 1:1641555/149‑1 CTAACACAAATGTAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:1156515/149‑1 CTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:106619/149‑1 CTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATAGAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC < 1:489312/149‑1 GGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGGCTACA < 1:1280400/149‑1 TAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAA < 1:34628/149‑1 AATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTT < 1:756830/149‑1 AATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTT < 1:1322849/149‑1 tttattaTATAATTAAAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGA < 1:229130/142‑1 GTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCT > 1:1087889/1‑149 GTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCT > 1:1147556/1‑149 TAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTTCCTT > 2:1705556/1‑149 TAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTT > 1:549416/1‑149 GCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTGTTAACTTAATTGCCTTTG > 2:1336620/1‑149 GCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTG > 2:841237/1‑149 CCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTATACTAAAAATTCAACTTAGCAACAGAACCTATATTTTTCTATAATTATTAAATTAATTGTCTTTGT > 2:70668/1‑149 CCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGT > 2:1562486/1‑149 AATACTAACACAAAGGCAATTAATTTAATAATTATAGCAAAATATAGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/76113‑76265‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagccAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAGATTCAACTTTGCAACAGAACCTATATTTTGCTATAATTATTAAATTAATTGCCTTTGT < CP000730/76268‑76122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |