| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 181 (0.960) | 160 (1.160) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
75/216 | 0.1 | 54.8% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
TTAGGATAAGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCT > CP000730/512472‑512768 | ggaGGATAATGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTa > 1:685387/3‑149 (MQ=255)gcaaggaggtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcggacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttgaaaaataaaatggccaagataaa < 2:456652‑M1/1‑1 (MQ=255)gcaaggaggtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttccgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatcttggttaacaaataaaatggacaagataaa < 2:373558‑M1/1‑1 (MQ=255)ctAGGATAAGGGCGTTCATTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTCGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGGGTCAAACAAAACAACTAAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGTAAATTAATTTTa < 2:1215232/148‑1 (MQ=255) aGGATAAGGTCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaa < 1:720523/149‑1 (MQ=255) gaggtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttctgctagagtagaacgtttccaggcagttttttaatcaaaatttgattaaaaacaaaaatgtacaagaacaaaaaat < 1:857384‑M1/6‑2 (MQ=255) gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTa < 2:323352‑M1/9‑1 (MQ=255) tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgggcaagataaAAAAAGTTAt > 2:1003968‑M1/140‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |