| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 67.1% | 345.0 / inf | 1000 | intergenic (+107/+1) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (174/152); new base T (328/336); total (506/494) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1017 total aligned reads displayed.
AATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTT > CP000730/35728‑36024 | aaTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc < 1:1740120/149‑1 (MQ=255) cgAAGCTCTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGCACAATGATTACTTGCACAAGAGCTAACATAAAGATGCGATATAATAAAAATAGAAGGTTCTGGAGCATAGAAAAAACATCTAGCTAACCGCTAGTTTATCATGTCAGTGTTCGATTaat > 2:32670/2‑148 (MQ=21) gAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCa > 2:1869997/1‑149 (MQ=255) cTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAGCTGaaa 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tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTCAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTCTTGATACTTTGATACCtg > 2:1335556/1‑148 (MQ=255) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAATTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCtt > 2:624531/1‑149 (MQ=17) gtTCGGTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTg < 1:206906/149‑1 (MQ=17) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGt > 2:1457358/1‑149 (MQ=12) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGt > 2:1082127/1‑149 (MQ=12) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGt < 2:1908945/149‑1 (MQ=17) ttCGTTTAACTCGCTAGCATGATGCTATATTCGTGGAATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTGGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGt < 2:1251586/149‑1 (MQ=11) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGACGTAACATGTACTTGGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGtctt < 1:950865/149‑1 (MQ=11) cTTAACTTGCTAGGATGATGCTAATTTCGTGGCATGGTGAATATCCCCAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTTAATACACTCGATAATTTTTATAGTATTCATTGCTGTATTGATACTTTGATACCTCGtcttt < 2:163235/149‑1 (MQ=11) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGtcttt > 2:194647/1‑149 (MQ=17) cTTAACTTGCTAGCAGGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGCCGATCTTAATAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGtcttt < 1:1876115/149‑1 (MQ=11) | AATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTT > CP000730/35728‑36024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |