| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP000730 | 2,621,781 | A→C | L297* (TTA→TGA) | USA300HOU_2485 ← | MFS family major facilitator transporter, cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 2,621,781 | 0 | A | C | 98.8% | 583.1 / ‑5.5 | 172 | L297* (TTA→TGA) | USA300HOU_2485 | MFS family major facilitator transporter, cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (86/84); total (87/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TACTAAATACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATAAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTAA > CP000730/2621635‑2621926 | aaaTACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCaa > 1:1065081/1‑149 (MQ=255) aaTACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGCCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGACACACATTAATAATCGATCAGCCCAt > 1:145951/1‑149 (MQ=255) tccTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAACGTTGCACCTATATATACTATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTc < 1:58959/147‑1 (MQ=255) tACTTTCCCCATCAAATGATCTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTc 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caTTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGGCCATATACACCAACg > 1:663759/1‑149 (MQ=255) caTTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATGAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACg > 2:1475024/1‑149 (MQ=255) taataaTCGACCAGCCAATTCCACAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGccc < 2:947614/149‑1 (MQ=255) ataatCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCctc > 1:586778/1‑149 (MQ=255) ataatCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCAATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGATAGTCCATATCCACCAACGCCctc > 2:15356/1‑149 (MQ=255) aaatCGACCAGCCAATTCTCCAAACAAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTACTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCctct < 1:203016/148‑1 (MQ=255) atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTGAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:1434451/149‑1 (MQ=255) atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:592378/149‑1 (MQ=255) atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:1884100/149‑1 (MQ=255) atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:965682/149‑1 (MQ=255) atCGATCAGCCAATTCCACAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:837381/149‑1 (MQ=255) tCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCtttt > 2:1834652/1‑149 (MQ=255) cGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTa < 2:852289/149‑1 (MQ=255) cGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTa < 1:1030929/149‑1 (MQ=255) gATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTaa < 2:1232617/149‑1 (MQ=255) gATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTaa > 2:565330/1‑149 (MQ=255) | TACTAAATACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATAAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTAA > CP000730/2621635‑2621926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |