| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP000730 | 2,623,244 | G→A | intergenic (‑574/+3462) | USA300HOU_2485 ← / ← sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 2,623,244 | 0 | G | A | 96.8% | 547.0 / NA | 189 | intergenic (‑574/+3462) | USA300HOU_2485/sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base A (99/80); total (104/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
AATTATACTACTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTGGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACAATCT > CP000730/2623099‑2623388 | caTTATACTACTCAACATCAATCCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGc < 1:1810536/148‑1 (MQ=255) ttATACTACTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCa < 1:417643/149‑1 (MQ=255) tactacTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCAttt > 1:197249/1‑149 (MQ=255) tactacTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCAttt > 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aaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACCATCt > 1:831375/1‑149 (MQ=255) | AATTATACTACTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTGGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACAATCT > CP000730/2623099‑2623388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |