| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 16,984 | T→C | 5.4% | Y284Y (TAT→TAC) | metX → | possible homoserine O‑acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 16,984 | 0 | T | C | 5.4% | 257.6 / 2.3 | 92 | Y284Y (TAT→TAC) | metX | possible homoserine O‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/45); new base C (2/4); total (43/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTCACAACATTGACCGAGGTCGCACAGACGTAACGCATGTTTTTAAAAATTTAGAAACAAAAGTGTTAACGATGGGGTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTACTAAACTTTAGTACCTGGGCACCTAACTTATATCATTTCTTAAATTTAAAGCATTTTAAGCGTAAGTAATAATATATATTTTCAAAGAATG > CP000730/16844‑17123 | aGTCACAACCTTGACCGAGGTCGCACAGACGTAACGCATGTTTTTAAAAATTTAGAAACAAAAGTGTTAACGATGGGGTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGCTCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAatat < 2:173355/141‑1 (MQ=255) cacaACATTGACCGAGGTCGCACAGACGTAACGCATGTTTTTAAAAATTTAGAAACAAAAGTGTTAACGATGGGGTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATatcat > 1:601023/1‑141 (MQ=255) aacaTTGACCGAGGTCGCACAGACGTAACGCATGTTTTTAAAAATTTAGAAACAAAAGTGTTAACGATGGGGTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGt > 1:774267/1‑141 (MQ=255) aacaTTGACCGAGGTCGCAAAGACTTAACGCACGTTTTTAAAAATTTAGAAACAAAAGTGTTAACGATGGGGTTCATAGATGAGTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGt < 1:205324/141‑1 (MQ=255) 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1:66361/141‑1 (MQ=255) ggTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTACTAAACTTTAGTACCTGGGCACCTAACt < 2:596990/141‑1 (MQ=255) ttCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTATTTTTTTTTGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTTCTAAATTTTTGTACTTGGGGACCTAAGttt > 2:94415/1‑140 (MQ=255) ttCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTACTAAACTTTAGTACCTGGGCACCTAACTta < 1:263144/141‑1 (MQ=255) tCATAGATGATTTGCTATAGCCGGATGATCAAGTGCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTACTAAACTTTAGTACCTGGGCACCTAACTtat < 1:253951/141‑1 (MQ=255) tCATAGATGATTTGCTATAACCGGATGATCAACTGCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTCCGGAGGCGGAGTACCTGGGCACCTAACTtat < 1:185495/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) atcatcGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTACTAAACTTTAGTACCTGGGCACCTAACTTATATCATTTCTTAAATTTAAAGCATTTTAAGCGTAAGTAATAATATATATTTTCAAAGAATg > 1:379297/1‑141 (MQ=255) | AGTCACAACATTGACCGAGGTCGCACAGACGTAACGCATGTTTTTAAAAATTTAGAAACAAAAGTGTTAACGATGGGGTTCATAGATGATTTGCTATATCCGGATGATCAAGTTCGTGCATTAGGTGAACGTTTTAAATATCATCGTCATTTCTTCGTGCCTGATAATGTTGGGCATGATGGATTCCTACTAAACTTTAGTACCTGGGCACCTAACTTATATCATTTCTTAAATTTAAAGCATTTTAAGCGTAAGTAATAATATATATTTTCAAAGAATG > CP000730/16844‑17123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |