| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,481,355 | G→T | 100% | A6890E (GCA→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 99.7% | 145.6 / ‑7.1 | 52 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (27/23); total (29/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481217‑1481491 | cccGTCGCTCTATTGAGTTCCTTGGCGTTTTTAATTGCTTGCGTTACTTCAGCTACATTCTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTCTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCa < 2:607296/141‑1 (MQ=255) cGCCGTATACAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGGGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATGGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGtt > 2:474980/1‑141 (MQ=255) cAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATc < 1:421027/141‑1 (MQ=255) gTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTg > 2:714204/1‑141 (MQ=255) ttacTGAGCGGTTTGATTGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTTTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 2:142685/138‑1 (MQ=255) ttCCTGAGCGGTTTTGATGGCTTGCGTTGCTTCGGCTACAGGTGGCGCTTGATGGATTTTTCCAGTAACAGCACCTTTGTCTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGTTAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 2:101199/141‑1 (MQ=255) tGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt < 2:454674/141‑1 (MQ=255) gAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACtt > 2:695997/1‑141 (MQ=255) cGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTc < 1:78861/141‑1 (MQ=255) aTGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCa < 2:270262/141‑1 (MQ=255) ggCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAtt > 1:647260/1‑141 (MQ=255) cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa < 2:198893/141‑1 (MQ=255) cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa > 1:15997/1‑141 (MQ=255) cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCATGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa > 1:499989/1‑141 (MQ=255) cGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTGTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGc > 1:194619/1‑141 (MQ=255) gTTACTTCAGCTACAGTGTGCGGTTGATTGATGTTTCCAGTAAGAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATATAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTGGCATCTGTTACTTTTCTATCACGATTCAACggt > 2:331926/1‑139 (MQ=255) cTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGtt > 1:118014/1‑141 (MQ=255) gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTa > 2:670649/1‑141 (MQ=255) ttACAGTGTGCGCTTGATTCATGTTTCCAGTAACAGCTCCTTTTTTTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTATATAATTTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAg < 2:707946/140‑1 (MQ=255) aCAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTACGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgtt < 2:295808/141‑1 (MQ=255) cAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttg > 2:291096/1‑141 (MQ=255) gtgtGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttgtt > 2:566914/1‑141 (MQ=255) gcgcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATACTGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATAACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAg > 1:88745/1‑141 (MQ=255) gcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTCCAGtt > 1:337848/1‑141 (MQ=255) attgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTAGTTACAGTTGAAAg > 2:192115/1‑141 (MQ=255) ttCCAGTAACAGCACCTTTTGGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCtt < 1:695997/141‑1 (MQ=255) ccAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCa > 1:755930/1‑141 (MQ=255) tAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCCCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTAGAAGTGCTGCTTCacttt > 2:457086/1‑137 (MQ=255) tAACAGCACCTTTTTGGGCATTGTTTACGTTATCTAACGTAGATAAGGTATGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTCTCACCATTCAACGCTTGTTTCGTCGTTGTTTCAGTTGGAAGGGCTGCCTCAACtt > 2:74736/1‑141 (MQ=255) aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTCCAGTTGAAAGTGCTGTCTCAACttct > 2:175434/1‑139 (MQ=255) aCAGCACCTGTGTGTGCATTGTTTAAGTTATCTATCGTAGGTTATTTTTGGTTTTCACTGTTTTTAGCACCTGTTACGTTCCTCTCACCATTCATCGCTTGTTTCGGAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtgt < 2:126547/141‑1 (MQ=255) gCACCTTTGTGTTCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGAt < 1:669005/141‑1 (MQ=255) aCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTg < 2:17436/141‑1 (MQ=255) ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 1:601794/141‑1 (MQ=255) ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACGGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg > 2:422581/1‑141 (MQ=255) ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 1:621003/141‑1 (MQ=255) ttctgCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCGCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGc < 2:219020/138‑1 (MQ=255) tgtgCATTGTTTAAGTTATCTAACGAAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCa < 2:755003/141‑1 (MQ=255) gccttGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCAttt < 2:433095/138‑1 (MQ=255) aTTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGt < 2:437462/141‑1 (MQ=255) ttagtttATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcgat < 2:417708/136‑4 (MQ=255) ttAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTCCTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 1:30456/141‑1 (MQ=255) aaGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAttt < 1:395456/141‑1 (MQ=255) aGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAGGTTCTGCTTCGACTTGTGATTGGTTCGCCTTTGTCCGATTTg > 2:143802/1‑141 (MQ=255) aGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTATTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTg > 2:502057/1‑141 (MQ=255) gTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGc > 2:139086/1‑141 (MQ=255) tATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCtt > 2:172256/1‑141 (MQ=255) aTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTg > 2:535166/1‑141 (MQ=255) aaCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCGTTTGTACCATTTGCTTGATta > 1:311562/1‑141 (MQ=255) aaCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATta > 1:169920/1‑141 (MQ=255) cGTAGATCATCTTCGTCTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACGATTTGCTTGATttat > 2:753404/1‑141 (MQ=255) tAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCACCTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAGTAtt > 1:27120/1‑141 (MQ=255) gtttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGTTTGATTAATAATATTTTca > 2:67916/1‑141 (MQ=255) gtttggttttCATTGTGTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGATTGATTAATAATATTTTca > 2:294291/1‑141 (MQ=255) tgttttCATTGTTTGTAGCATCTTTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagcag < 1:285016/140‑1 (MQ=255) gttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagcagc < 2:612323/141‑1 (MQ=255) | CCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481217‑1481491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |