| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,420,667 | G→T | 8.6% | intergenic (+98/‑264) | ssaA → / → gyaR | secretory antigen SsaA/(R)‑2‑hydroxyacid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,420,667 | 0 | G | T | 8.6% | 227.2 / 2.2 | 79 | intergenic (+98/‑264) | ssaA/gyaR | secretory antigen SsaA/(R)‑2‑hydroxyacid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/36); new base T (6/2); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGT > CP000730/2420527‑2420802 | ttCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATGTAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTCTGAGCTTTCCTTTATAGGGGAAGCTC‑TTTTTTTg > 1:470394/1‑141 (MQ=255) tGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCtt > 2:229744/1‑140 (MQ=255) aaGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTAttt < 1:716254/141‑1 (MQ=255) taaGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCg > 2:756546/2‑141 (MQ=255) cAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGc < 1:58564/141‑1 (MQ=255) gTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGTTATTTTTGGTTGcccc > 2:33282/1‑139 (MQ=255) gTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGTTATTTTTCGTTGCCAc > 2:711918/1‑141 (MQ=255) gTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCAc > 1:497172/1‑141 (MQ=255) gTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCAc < 1:90291/141‑1 (MQ=255) gTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGAGGATACATATGGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCAc > 2:374250/1‑141 (MQ=255) tatcgaaaactacaTCCTGTTTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATAGGTCATCAATAAGCTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGCAGATC‑TTGTTGTTCTATTTTTCGTTGCCAcc < 2:356168/134‑1 (MQ=255) tAACTACAATTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCAcc < 2:185766/141‑1 (MQ=255) aactacaactacATCCATATTTAATATATACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGCGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCt < 1:538178/141‑1 (MQ=255) caactacaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTACCACCTACtta < 1:756546/141‑1 (MQ=255) actacaTCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACttatt < 1:162064/141‑1 (MQ=255) 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2:708655/1‑140 (MQ=255) cATATTAAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACACATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTACTTATATTtc > 2:487707/1‑141 (MQ=255) tatTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTtctt > 1:756346/1‑139 (MQ=255) ttAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTCTTTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTtcctcc > 1:231008/1‑141 (MQ=255) aaTATAAACACGATTATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAACAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCat < 2:50723/141‑1 (MQ=255) atatAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGCAACCTACTTATTTATATTTCCTcccttt > 2:107045/1‑138 (MQ=255) acGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTCGTACATATGTCATCAAAAATCGTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTCTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAat < 2:424024/141‑1 (MQ=255) acGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAat > 1:333645/1‑141 (MQ=255) acGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGGCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAat < 1:143279/141‑1 (MQ=255) cGATGACACATACTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAata < 2:740253/141‑1 (MQ=255) atgatACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTACTACATATGTCATCAAAAAACGTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATAtt < 2:326548/141‑1 (MQ=255) gatACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTATTTATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCTTCCCATATTCAAAATATTaa > 1:373628/1‑141 (MQ=255) gatACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTCTTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTaa > 1:432891/1‑141 (MQ=255) tcATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATCTCATCAAAAAGCTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAAttt < 2:43442/140‑1 (MQ=255) ttGAAACTTAATTCTAGTACTTATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATAc < 2:120641/141‑1 (MQ=255) gAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTa > 1:416807/1‑141 (MQ=255) ttAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTTTAATACTATTAAc > 1:197079/1‑141 (MQ=255) 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1:526254/1‑141 (MQ=255) ttCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTa < 2:52513/141‑1 (MQ=255) ttCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTa < 2:52450/141‑1 (MQ=255) cTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTACTACTCTTAATTTTcaa > 2:16619/1‑141 (MQ=255) aGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAAGAGAAGATC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAAc > 2:503273/1‑141 (MQ=255) gTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAACAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACt > 1:150346/1‑141 (MQ=255) 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2:4357/141‑1 (MQ=255) tcatcaAAACACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCGCCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCATAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCt < 2:369903/141‑1 (MQ=255) catcaAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCta < 2:636260/141‑1 (MQ=255) aaaaaCTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCAACTACGTATTTATATTTCCACCCGTATTAACAATATTAATTTGTTCTCATTCCATTAATTTTTAAATCACGTTatttaattta > 2:120166/1‑141 (MQ=255) aaaCTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTTCTTTTTTTCCTTGGCACCTACTTATTTATTTTTTCTCCCATATTTAAAATATTAATTTTTTTTAATACTATTAACTTTAAAACTAAGTTATtttattttat > 1:778696/1‑141 (MQ=255) aaaCTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTTTAATACTATTAACTTTAAAACTACGATTTCtaatttcat > 2:460692/1‑141 (MQ=255) 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2:585923/141‑1 (MQ=255) ttCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGtttt > 1:515188/1‑141 (MQ=255) cTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTcc > 1:580718/1‑141 (MQ=255) tttATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCca < 2:150346/141‑1 (MQ=255) ataGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACAt < 1:96378/141‑1 (MQ=255) ggAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTAc < 2:430216/141‑1 (MQ=255) gagaAGCTC‑TTTTTTTTTTTTTTTTCTTTGCCACATACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATTCTATTAACTTTAAAACTACGTAATCTAATTTAATTTATCTATTTTTTCCACATcaca > 2:81822/1‑141 (MQ=255) agaAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACaa > 1:538203/1‑141 (MQ=255) gaAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACaaa > 1:635338/1‑140 (MQ=255) gaAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAat > 1:84550/1‑141 (MQ=255) aaGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTCACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAata < 1:503273/141‑1 (MQ=255) aGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAatat < 2:416807/141‑1 (MQ=255) ctc‑tTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTc > 1:595710/1‑141 (MQ=255) tc‑tTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCACATATTCAAAATATTCATTTTTTCTAATACTTTTCACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTCATTTATCCAGTTTTTCCACATTCCACTATTct > 2:224342/1‑140 (MQ=255) c‑tTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTCTTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTCATCTAATTCAATTGATCCGGTTTTTCTACCTTCCAATCTTCAt > 2:305671/1‑141 (MQ=255) tttttttGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATCTTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTGCGTTCTCTAATTGAATTGATCCAGTTTTTCCACTTTACAATCTTCATa > 1:212954/1‑141 (MQ=255) ttttttCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGt < 2:303879/141‑1 (MQ=255) | TTCTGCAAGTGAAGCAGGTAACTACAACTACATCCATATTTAATATAAACACGATGATACATATTGTCTTGAAACTTAATTCTAGTACATATGTCATCAAAAAACTTTGAGCTTTCCTTTATAGGAGAAGCTC‑TTTTTTTGCTATTTTTCGTTGCCACCTACTTATTTATATTTCCTCCCATATTCAAAATATTAATTTTTTCTAATACTATTAACTTTAAAACTACGTTATCTAATTTAATTGATCCAGTTTTTCCACATTACAATATTCATAGT > CP000730/2420527‑2420802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |