| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,430,141 | C→A | 7.8% | E146* (GAA→TAA) | suhB ← | inositol‑phosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,430,141 | 0 | C | A | 7.8% | 182.0 / 2.9 | 66 | E146* (GAA→TAA) | suhB | inositol‑phosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/27); new base A (2/4); total (35/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATAGAATCTAATCCGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAATATAATACAATAATCTTCTTG > CP000730/2430008‑2430279 | aTAGAATCAACTCCGCAAGCATCAACTAAACGCTAGCTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTTTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATc < 2:773332/141‑1 (MQ=255) tAGAATCTAATCCGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCCTCACTTGTGCCTTAAACGATATAATAGGGTCTTCCAATTTTAACGATAGTGGTTATTCCATCt > 1:19703/1‑141 (MQ=255) aGAATCTAATCCGCACGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCACTCTACACGAGGGTGGTTCTTCCATCtt < 1:186503/141‑1 (MQ=255) aGAATCTAATCCGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGACATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCtt < 1:423404/141‑1 (MQ=255) tCCGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCAtt < 2:589081/141‑1 (MQ=255) tCCGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCAtt > 1:329771/1‑141 (MQ=255) cGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCAttcc > 1:112086/1‑139 (MQ=255) cGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTAc < 1:253714/141‑1 (MQ=255) cGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTAc < 2:392719/141‑1 (MQ=255) aGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACaaaa > 1:726435/1‑141 (MQ=255) gCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCAAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACaaaaa > 2:473404/1‑141 (MQ=255) cACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACaaaaaa > 2:566242/1‑140 (MQ=255) cACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTGCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAg > 2:639346/1‑141 (MQ=255) cAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCAc > 1:682437/1‑141 (MQ=255) cTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGAGTGTTCTTCCATCTTCATTCCGTTACAAAAAGcctctt > 2:528298/1‑136 (MQ=255) cTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTATTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCtt > 2:153793/1‑141 (MQ=255) cacaCGATAACTAAAGGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCGAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTTACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTtc < 1:72945/138‑1 (MQ=255) aCGATAACTAAATGAGGCGTAAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTACATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTGATTCCATTACAAAAAGCACCTTctcc > 1:472485/1‑141 (MQ=255) cGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTctcct > 2:474211/1‑141 (MQ=255) aTAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCg > 1:604586/1‑141 (MQ=255) aCTAGATGAGCCGTCAAATAAATCGTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTAt < 2:100957/141‑1 (MQ=255) aCTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTAt > 1:113937/1‑141 (MQ=255) aaagggggCGTCAAATTAGTCCTGGACCGTATCTAGATTCATCTCTTGTGCATTAATCGATATTATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTAAAATATTTTCGTTCTCCTCGTATTGc < 2:167581/135‑1 (MQ=255) atgCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTtat < 1:207228/139‑1 (MQ=255) aGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTtat < 1:703045/141‑1 (MQ=255) aGGCGACAAATACATCNTACACCGTATCTAGATTCATCACGTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTtat < 1:685850/141‑1 (MQ=255) gccAAATATATTGTGCACCGTATTTAGATTCATCACTTGTGCATTAACAGATATAATAGCTTCTTCCAGTTTTAACGCTGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAg < 2:466327/139‑1 (MQ=255) tCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGc < 1:498098/141‑1 (MQ=255) aaatCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCCTCTTAATTCCATTACAAAAAGTACCTTGTCCTCGTTTTGCTTTATAAAGCtttttt > 1:476807/1‑140 (MQ=255) atCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATg < 1:457292/141‑1 (MQ=255) ttGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCgg > 1:616453/1‑141 (MQ=255) cGTATCTAGATTCATCACTTGTCCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATc < 2:682437/141‑1 (MQ=255) aGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGCCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTCCACCAAGCCAATTCTCCTCGTATTGCTTTATAAATCTTTGTATGCGAATACTCATAtacg > 2:533113/1‑141 (MQ=255) catcaCTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGa < 2:113937/141‑1 (MQ=255) agcaCTTGGGCATTAAACGGTATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGAt < 1:707491/139‑1 (MQ=255) tcaCTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATa < 1:260449/141‑1 (MQ=255) tcaCTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATa < 1:454553/141‑1 (MQ=255) tcaCTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTCCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATCCGTACGATa > 2:263533/1‑141 (MQ=255) tgtgCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATTTACGTACGATAACAtt > 1:540720/1‑141 (MQ=255) tgCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTATTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTgg < 1:338917/141‑1 (MQ=255) cATTAAACGATATAATAGCGGCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTATTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGtt < 2:19703/141‑1 (MQ=255) gATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTATGATAGCATTGGTTTACCTTCa < 1:397607/141‑1 (MQ=255) gATAGAATAGCGTCTTCCAATTTTAAGGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCa < 1:122367/141‑1 (MQ=255) tataATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATa > 1:370593/1‑141 (MQ=255) tataATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATa > 2:281118/1‑141 (MQ=255) tataATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGCTATTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCGTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATa < 2:431547/141‑1 (MQ=255) tataATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTAGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATa > 1:262368/1‑141 (MQ=255) ataataGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATaa > 2:285242/1‑141 (MQ=255) aataGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATaaaa < 1:708013/141‑1 (MQ=255) aataGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATaaaa > 2:131326/1‑141 (MQ=255) ataGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATaaaaa < 2:726435/141‑1 (MQ=255) cTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCa > 2:287191/1‑141 (MQ=255) ttCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCCTAAAAATACGCCaa > 2:465764/1‑141 (MQ=255) tCCAATTTTAACGATGGTTGTTATTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAat < 2:623466/141‑1 (MQ=255) cAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAatat > 2:4082/1‑141 (MQ=255) cAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAataa > 2:71625/1‑140 (MQ=255) cAATTTTAAAGATGGTGGTTATTACATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCACGTGTTGCTTTATAAAGCTTTGCATTCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAatat > 2:222645/1‑141 (MQ=255) aTTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAATataa > 2:350791/1‑141 (MQ=255) tttAACGATGGTGGTTGTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTAATTAACCTTCATAAAAATACGCCAATataata > 2:543791/1‑141 (MQ=255) ttAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAATATAATAc < 1:601539/141‑1 (MQ=255) aaCGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAATATAATACaa > 2:242414/1‑141 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2:239669/1‑141 (MQ=255) | ATAGAATCTAATCCGCAAGCACCAACTAAACGATAACTAAATGAGGCGTCAAATAAATCTTGCACCGTATCTAGATTCATCACTTGTGCATTAAACGATATAATAGCGTCTTCCAATTTTAACGATGGTGGTTCTTCCATCTTAATTCCATTACAAAAAGCACCTTCTCCTCGTATTGCTTTATAAAGCTTTTTATGCGGATAATCATATACGTACGATAACATTGGTTTACCTTCATAAAAATACGCCAATATAATACAATAATCTTCTTG > CP000730/2430008‑2430279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |