| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 244,324 | 2 bp→AT | coding (562‑563/627 nt) | azoR ← | [acyl‑carrier‑protein] phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 244,324 | 0 | T | A | 96.7% | 104.0 / NA | 30 | H188I (CAT→ATT) | azoR | [acyl‑carrier‑protein] phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (10/19); total (11/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP000730 | 244,325 | 0 | G | T | 100.0% | 106.8 / NA | 30 | H188I (CAT→ATT) | azoR | [acyl‑carrier‑protein] phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (11/19); total (11/19) | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |