| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 110,660 | T→A | 20.3% | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 → | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 110,660 | 0 | T | A | 20.3% | 82.4 / 16.8 | 39 | I173I (ATT→ATA) | USA300HOU_0109 | staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/23); new base A (5/3); total (13/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
TAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAAT > CP000730/110525‑110798 | tAAAACGGTCGATAATAAAATCATTCCAAAAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCat < 1:50430/140‑1 (MQ=255) aaaTGTTCGATAATAAAAACAGTACAACAAAAGAAATGAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTGTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCatat < 1:21574/140‑1 (MQ=17) aaaTGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAATAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCatat < 1:127216/140‑1 (MQ=255) taaAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATTAAAAAATAAAAAAAGAAATCTAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGc < 1:79705/140‑1 (MQ=255) 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| TAAAATGGTCGATAATAAAATCATTCCAACAAAAGAAATTAAAGATGAAAAAATAAAAAAAGAAATCGAAAACTTTAAGTTCTTTGTTCAATATGGCGACTTTAAAAATTTGAAAAATTATAAAGACGGAGATATTTCATATAATCCAGAGGTGCCGAGTTATTCGGCTAAATATCAATTAACTAATGATGATTATAATGTAAAACAATTACGCAAAAGATATGATATACCGACGAGTAAAGCTCCAAAGTTATTGTTAAAAGGTTCAGGGAAT > CP000730/110525‑110798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |