Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,278,140 | A→C | intergenic (+738/‑208) | pyrH → / → uppS | UMP kinase/di‑trans, poly‑cis‑decaprenylcistransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,278,140 | 0 | A | C | 96.2% | 92.7 / ‑3.9 | 26 | intergenic (+738/‑208) | pyrH/uppS | UMP kinase/di‑trans, poly‑cis‑decaprenylcistransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (19/6); total (20/6) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
TTAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAA > CP000730/1277996‑1278283 | ttAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCAtt > 2:300134/1‑151 (MQ=255) tGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGtat > 1:285324/1‑151 (MQ=255) aaCGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTataat > 2:306612/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |