Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	CP000730	1,278,140	A→C	intergenic (+738/‑208)	pyrH → / → uppS	UMP kinase/di‑trans, poly‑cis‑decaprenylcistransferase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	1,278,140	0	A	C	96.2%	92.7 / ‑3.9	26	intergenic (+738/‑208)	pyrH/uppS	UMP kinase/di‑trans, poly‑cis‑decaprenylcistransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (1/0);  new base C (19/6);  total (20/6)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01

TTAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAA  >  CP000730/1277996‑1278283                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                ttAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCAtt                                                                                                                                           >  2:300134/1‑151 (MQ=255)       tGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGtat                                                                                                                                     >  1:285324/1‑151 (MQ=255)                  aaCGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTataat                                                                                                                          >  2:306612/1‑151 (MQ=255)                          ngTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTAt                                                                                                                  >  2:70887/2‑151 (MQ=255)                            tAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGAtaccaccaccttacgg                                                                                                                >  2:253361/1‑137 (MQ=255)                                              tGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAgtat                                                                                              <  1:234373/151‑1 (MQ=255)                                               gTTTAATTAAATAAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTAATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAgtatg                                                                                             >  2:249711/1‑151 (MQ=255)                                                        aaTCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTcaca                                                                                    >  1:290344/1‑151 (MQ=255)                                                        aaTCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTcaca                                                                                    >  1:125656/1‑151 (MQ=255)                                                                  gCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGgtgt                                                                          >  2:175068/1‑151 (MQ=255)                                                                    aTGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTaa                                                                        <  2:285324/151‑1 (MQ=255)                                                                     tgtgATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTaaa                                                                       >  1:164372/1‑151 (MQ=255)                                                                      gtgATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAAc                                                                      <  2:231977/151‑1 (MQ=255) 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                                                                                                  aaaTGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGtttt                                         >  2:169152/1‑151 (MQ=255)                                                                                                            ttAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTTTGTGTATTTTATGGTGTATAATGTAGAGAGTCAGTATTTGATAACGTTTTTTTATTTga                                >  1:29192/1‑150 (MQ=255)                                                                                                            ttAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGc                                >  2:101804/1‑151 (MQ=255)                                                                                                            ttAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGc                                >  2:53968/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                          taaAGATATAATTTAAGAATAAACGGAATAAGGTATATTGCGATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTAAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTAAAGTGTTTTTATTTGCTTATTCAATGCAtt                  <  2:254967/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                          taaACATATACTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCAtt                  <  2:281162/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 ataCTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAg           >  1:61547/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                   aCTTTATAAATAATCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTa         <  1:104725/151‑1 (MQ=255)                                                                                                                                         taaataaTCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATaa   >  1:46152/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                          aaataaTCGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATaaa  >  1:59211/1‑151 (MQ=255)                                                                                                                                                 |                                                                                                                                                TTAAAATGCCAGTATTAAACGATAATGTAACATTTAAAATGGGCATGTTTAATTAAATCAAAGATGCATGTGATAATTTAAATTCACAATGAGCATAAAAATGGTGTTTAAACAAGTTAATTAAACATATACTTTATAAATAATAGGCATTAGGTATATTGCTATAATAAAGTTATGTAATTTTTAACCTCAGTATGTATGTCACATTTCTGGTGTAAACTGTACCGAGTCAGACTTTGGTACAGTTTTTTTATTTGCTTATTCAATGCATTAAATGAGTATGATAAA  >  CP000730/1277996‑1278283

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑