New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =22 (0.690)20 (0.910)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
15/180 NT 56.9% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  CP000730/512480‑512757
                                                                                                                                            |                                                                                                                                         
gccacaccttctcccctgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgattgtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttcccagtcagtctttccagcaagtgttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                           >  1:183911‑M1/141‑141 (MQ=255)
 tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                          <  2:307137‑M1/2‑1 (MQ=255)
   gCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGGAAATTAATTTTaaaa                                                                                                                                        >  1:264998/1‑141 (MQ=255)
    cGTTGAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAGTTCCTAACGAAAATTGATTTTaaaaa                                                                                                                                       >  2:265231/1‑141 (MQ=255)
                       aGGTGTAATTTTTACCGGTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                    <  2:222776/141‑1 (MQ=255)
                        ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAATCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAAATTTTCATGGTGATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                   <  2:82641/141‑1 (MQ=255)
                        ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                   <  2:5912/141‑1 (MQ=255)
                        ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                   <  1:178054/141‑1 (MQ=255)
                        gatgaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttatgctagagtagaacgttgcaaggcagtttttttatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTGTTGACTTAAAtgttga                                                                                                                   >  2:88209‑M1/117‑139 (MQ=255)
                         gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                  <  2:226644/141‑1 (MQ=255)
                            tattttttACTGTAGATAATAAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTAATTGTTGAGTCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaa                                                                                                               <  2:39350/138‑1 (MQ=255)
                            aagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaa                                                                                                               <  1:333362‑M1/29‑1 (MQ=255)
                             agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                              >  1:327477‑M1/112‑141 (MQ=255)
                                    aCTGTTGTAAAGCAGGTGGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAGACAACGCAACTTCAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATGCACTTGAAAAAGTTATTGCCTTAAATGTTAATAAAATgcagaa                                                                                                       >  2:131738/1‑136 (MQ=255)
                                     cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATTTAtaat                                                                                                      >  2:138612/1‑141 (MQ=255)
                                      ccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTCAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                     <  1:83554‑M1/39‑1 (MQ=255)
                                        ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgatcccgaggaaggttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaa                                                                                                   >  1:260729‑M1/101‑141 (MQ=255)
                                            cgttgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacctggccaggtagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                               >  2:29798‑M1/97‑141 (MQ=255)
                                                   ggtagtcgaacttacgttccggtagagtagaacgtggccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                        <  1:296810‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                   ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                        <  2:372662‑M1/52‑1 (MQ=255)
                                                    gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaagtaaaatggacaagataaAAAAAGTGATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                       <  2:254527‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                                    gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                       <  1:133764‑M1/53‑1 (MQ=255)
                                                      gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                     <  1:84760/141‑1 (MQ=255)
                                                      agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                     <  2:219055‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                                                acgtgtcgctagagtagaacgttgcgaggcaggtatttaataaaattttggttaaaaaataaaagggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGCTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                           >  2:228995‑M1/77‑141 (MQ=255)
                                                                acggtcagatagagttggacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaataaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAc                                                                           >  2:168827‑M1/77‑141 (MQ=255)
                                                                   ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttttttatattttcgataaaaaataaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTGCGAAAAATaaacgtt                                                                        <  2:13536‑M1/68‑4 (MQ=255)
                                                                   gTATATATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAATAATGAACAtt                                                                        <  2:258849/141‑1 (MQ=255)
                                                                        ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                   >  1:192067‑M1/69‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                      >  2:239219‑M1/56‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                      >  2:239215‑M1/56‑141 (MQ=255)
                                                                                     aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                      >  1:218224/1‑141 (MQ=255)
                                                                                         caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                  <  2:351796‑M1/90‑1 (MQ=255)
                                                                                          aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                 >  1:1660‑M1/51‑141 (MQ=255)
                                                                                           ggcagttttttaattaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATTATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTCaa                                                >  2:355987‑M1/50‑141 (MQ=255)
                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTACTTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                               >  2:318501/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                 tcaactTAAAAAATAACGTTAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTaa                                          <  2:340827/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    acgtAAGAAATAACTTGAAGTACCAACGAAAATTAATTTTAAAAAGGTATTGCCTTAAATTGTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTAAATTc                                       <  2:163280/138‑1 (MQ=37)
                                                                                                     taatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACCGTTAGTTcc                                      <  1:185900‑M1/102‑1 (MQ=255)
                                                                                                      ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACAGTTAATTCCa                                     >  2:310689/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                       tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                    <  2:151067/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                >  1:219055‑M1/34‑141 (MQ=255)
                                                                                                             aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                              <  2:53949/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                              tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGTCAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                             <  2:280798‑M1/111‑1 (MQ=255)
                                                                                                              tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                             <  2:160633‑M1/111‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                          <  2:244094‑M1/114‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCACAAAACGTAACt                         >  2:55083/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                         <  2:57351‑M1/115‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    taaaaaataaaacggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATCACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                       >  2:285130‑M1/25‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTAATGAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAGTGAACGTTGCAAACTGAATGACGATATGGCAACGTTAATTCTAAAAAACGTAACtat                       >  1:122670/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                     >  1:24441‑M1/23‑141 (MQ=255)
                                                                                                                      aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                     >  1:53650‑M1/23‑141 (MQ=255)
                                                                                                                        tACTAACTAAAATCAATTTTAATAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAATATTGAAACCTGAATGACAATCTGTCAACGTTAATAACAAAAAACGTAACTATAAGt                   <  2:345255/141‑1 (MQ=37)
                                                                                                                        tACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt                   <  2:55194/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        aaataaaataaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTCAAAAATAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGt                   >  2:223135‑M1/21‑141 (MQ=255)
                                                                                                                         aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                  >  1:342800‑M1/20‑141 (MQ=255)
                                                                                                                          ataaaatggacaagataaAACAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAATCGTAACTATAAGTTa                 >  1:282973‑M1/19‑141 (MQ=255)
                                                                                                                          ataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGGAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                 <  1:289751‑M1/123‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          ataaaaaagacaagataaAAAAATTTATTGATTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCCTGTCGGTAAGAAAAAAGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACTTTAATTCCAAAAAACGTAACTACAAGTTa                 >  2:267983‑M1/19‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             atatggacacgagaaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa              >  2:359785‑M1/16‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa             >  1:302307‑M1/15‑141 (MQ=255)
                                                                                                                               atggacaaggtaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc            <  2:56303‑M1/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc            <  1:20000‑M1/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   attaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta        <  2:42512/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                        ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGATAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg   <  2:49343/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                         tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATCGAAAACTGCATGCCAATATTTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt  <  1:166441/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                            |                                                                                                                                         
AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGT  >  CP000730/512480‑512757

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.