| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 35,876 | C→T | 52.7% | intergenic (+107/+1) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 52.7% | 33.1 / 153.4 | 126 | intergenic (+107/+1) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/36); new base T (29/37); total (53/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
CTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35738‑36016 | cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtt < 1:176168/141‑1 (MQ=255)cTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtt < 1:207222/141‑1 (MQ=255) cAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACtt > 1:61403/1‑141 (MQ=255) ggataAAGTTTTTGGCGGAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGc < 2:23588/139‑1 (MQ=255) 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tCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATGTCGTGGCATGGCGAACATCCGTAGACCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTCTATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 1:247009/1‑141 (MQ=11) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTTGCATGGCGCAAATCCGTAGATGTGCAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGAGTAAAGACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGATGTATTGATACTTTGCTa > 2:181513/1‑141 (MQ=11) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:166783/141‑1 (MQ=17) gCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAc < 2:235275/141‑1 (MQ=17) cttaccttacTAGCAGGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 2:152016/141‑1 (MQ=255) cTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATAcc < 1:77690/141‑1 (MQ=17) | CTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGA‑CCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACC > CP000730/35738‑36016 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |