| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2551423 | 95 (0.880) | 3 (0.030) | 3/250 | 13.0 | 3.7% | intergenic (‑367/+85) | bioD/USA300HOU_2412 | dethiobiotin synthase/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC/membrane protein |
| ? | CP000730 | = 2555628 | 71 (0.740) | coding (3/108 nt) | USA300HOU_2414 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAATTGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2551269‑2551423‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatcccctcactatGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGTATTTCGA < CP000730/2555628‑2555489 TAATTGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCA > 1:317516/1‑141TAATTGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCA > 1:1163156/1‑141 ATTGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAA > 2:157448/1‑141 ATTGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTAAAACAATACATTAATTGTATTATTACGTTGAGCGACTTGACCACCAATGCTATAATTAGTTACATAATAACTTGAACATCTAAATACACCAAA > 2:546308/1‑141 TGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATC > 2:815227/1‑141 TGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCAATTAATTGTAATATTACCTTGAGCGCCTTGTTCTTCAATGCTTTAATTAGTTAAATAAAGAATTGAACATATATAAACACCAAAac > 2:713679/1‑139 GCATTATTTCTTAATAAACCGACATTCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAGTACATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCTTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCC > 2:69288/1‑141 GCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCC > 1:1178026/1‑141 CATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCC < 1:861783/141‑1 ATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCC < 1:802268/141‑1 TTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCT < 1:1055056/141‑1 ATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTATATACACCAAATCCCCTCA < 2:23680/141‑1 TTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCAC < 2:774985/141‑1 TTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCATTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCAC > 1:573183/1‑141 TCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTA > 2:246989/1‑141 CTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTAT < 1:364762/141‑1 CTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTAT < 1:953069/141‑1 CTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCAAACTTTTTAACAATCCATTAATTGAAAGATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTAT > 2:850299/1‑141 ATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTAGATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCGCTCACTATGGCA < 1:849766/141‑1 CAATGCTATAATTAATTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTG < 1:605647/126‑1 CAATGCTATAATTAATTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTG > 2:605647/1‑126 AAATCCCCTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTCGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTCGTCAAATTGGGCATCGATGTATGTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAta > 1:521338/1‑139 TCCCCTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTAAATTATATTAGAATT < 1:897468/141‑1 CCCCTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTA > 1:968171/1‑141 CCTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAG < 1:309223/141‑1 cttACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGT < 2:375260/138‑1 CTCACTATGTGAGTAGGGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGTAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGT < 1:14372/141‑1 CTCACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGT < 2:162710/141‑1 ACTATGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCCATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGTATT < 1:686588/141‑1 TGGCAGTAGTGAGGGGATTGGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGTATTTCGA < 1:255629/141‑1 TGGCAGGAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTGATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGTATTTCGA < 1:1082183/141‑1 TAATTGCATTATTTCTTAATAAAAAGACATCCTAGCTTTACCATCTTGTGAAACAATCCATTAATTGTAATATTACGTTGAGCGCCTTGTTCATCAATGCTATAATTAGTTACATAATAAATTGAACATCTAAATACACCAAATCCCCTCACTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2551269‑2551423‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatcccctcactatGGCAGTAGTGAGGGGATTTGGTGTATTTAGATGTTCAATTTATTATGTAATTAATTATAGCATTGATGAACAAGGTGTGCAATGTATTTTTGCAATATTACAATAAATGAATTTAATTATATTAGAATTAAGTATTTCGA < CP000730/2555628‑2555489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |