Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,744,454 | C→T | G73D (GGC→GAC) | apt ← | adenine phosphoribosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,744,454 | 0 | C | T | 99.1% | 311.2 / NA | 108 | G73D (GGC→GAC) | apt | adenine phosphoribosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (58/48); total (58/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTA > CP000730/1744316‑1744588 | tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCTCTGTGTTTCGAACAGGTGCAAAGTCa < 2:258196/141‑1 (MQ=255) atcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAAt < 2:1094047/141‑1 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATc < 1:911957/141‑1 (MQ=255) gTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCATTGTGGATTATTCAAGCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATcccc < 1:272373/141‑1 (MQ=255) tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCa < 1:1071135/141‑1 (MQ=255) aTTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAATGTCAATCCCCAtt > 1:813429/1‑141 (MQ=255) ttAACATACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGGGCATTGTTAGTACATTTGGACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTg < 2:720154/141‑1 (MQ=255) tAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGa < 2:609267/141‑1 (MQ=255) aaCACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGaa > 2:428872/1‑141 (MQ=255) aaCACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGaa < 2:1055171/141‑1 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aaCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTcc > 2:884333/1‑141 (MQ=255) aaCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCAATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAGGCtcatcacggcc > 2:827596/1‑136 (MQ=255) aCATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTCAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCCCTCCAGTTCCt > 1:554058/1‑141 (MQ=255) cATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCtc > 1:707630/1‑140 (MQ=255) cATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTa > 1:308662/1‑141 (MQ=255) cATTTGTACCATATTCTACGTCATACTCATCACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTa < 2:908433/141‑1 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(MQ=255) tcagAGTTAATTTCCTTTCTTTTCCAACAGGTGCAAAGGCAGTCCCCATTGAAGAAGCTTCAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCTCACAACGATATCAGCATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAttt < 2:151484/138‑1 (MQ=255) cACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAttt < 2:682915/141‑1 (MQ=255) cACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAttt < 2:1121358/141‑1 (MQ=255) cACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTCCGTATTCTACAAttt < 1:602128/141‑1 (MQ=255) cACGAGGTAATTTCCCGTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACACttt > 1:713609/1‑141 (MQ=255) cGAGCTAATTTCCCTTCTTTTCTACCAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAATGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTa < 1:293637/141‑1 (MQ=255) aGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGACACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTCCGTATTCTACAATTTTATc < 1:900255/141‑1 (MQ=255) tAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGt < 2:589076/141‑1 (MQ=255) tAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGt > 2:372535/1‑141 (MQ=255) gaaTTTCCCCTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGt < 2:289626/140‑1 (MQ=255) aTTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAAGCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTg < 1:942751/141‑1 (MQ=255) ttCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGct > 2:527934/1‑140 (MQ=255) cccTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCACCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATa > 2:835293/1‑141 (MQ=255) cccTCCTTTTCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATa > 2:732559/1‑141 (MQ=255) ctctcTTCTACCAGGTGAAAAGTCAATCCCAATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATACAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACCACGCTATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACATTTTTATCTGTTGCATAGcc < 2:276531/140‑1 (MQ=255) tttCTAACAGGTGCGAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCatat > 1:628169/1‑141 (MQ=255) tttCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTTCAATTCTATCTGTTGCATACCCatat > 1:214295/1‑141 (MQ=255) tttCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCatat > 1:529797/1‑141 (MQ=255) tCTAACAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCCTAGCCATATGc > 1:890628/1‑141 (MQ=255) aaCAGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTc > 1:1094694/1‑141 (MQ=255) aGGTGCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCAcc < 1:57737/141‑1 (MQ=255) gCAAAGTCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTa > 2:863391/1‑141 (MQ=255) | TCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGTTGCATAGCCATATGCTTCACCATTA > CP000730/1744316‑1744588 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |