| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 642,696 | T→A | 35.6% | Q219H (CAA→CAT) | USA300HOU_0579 ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 642,696 | 0 | T | A | 35.6% | 35.1 / 38.4 | 42 | Q219H (CAA→CAT) | USA300HOU_0579 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/11); new base A (8/7); total (24/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
TTTAAGATCCAAAACATAGTCTGATACTCCTATACTAAAATTAATACGCTACCAACGCCAGCACCGATGCCAAACGCAGTAACCAATGCTTCTAATGATTTCGTTGTGAACATCAACATGTGTCCACCAAATAAATCTTGTATTGCGTTTGTTATTAATACACCAGGAACAATAGGCATGACTGCCGCAATGATAATAGTTGCCAAGTCACCTGTTGGAATAAGTGTATGTCCAATAACGGCGATAATCCCAATAACTAATGAACCAATGAAT > CP000730/642559‑642831 | tttAAGATCCAAAACATAGTCTGATACTCCTATACTAAAATTAATACGCTACCAACGCCAGCACCGATGCCAAACGCAGTAACCAATGCTTCTAATGATTTCGTTGTGAACATCAACATGTGTCCACCAAATAAATCTTg > 1:327726/1‑140 (MQ=255) ttAAGATCCAAAACATAGTCTAATCCTCCTATACTAAAATTAATACGCTACCAACGCCAGCACCGATGCCAAACGCAGTCACCAATGCTTCTAATGATTTCGTTGTGAACATCAACATGTGTCCACCAAATAAATCTTGt < 2:47318/140‑1 (MQ=255) aaGATCCAAAACATAGTCTGATACTCCTATACTAAAATTAATACGCTACCAACGCCAGCACCGATGCCAAACGCAGTAACCAATGCTTCTAATGATTTCGTTGTGAACATCAACATGTGTCCACCAAATAAATCTTGTAt < 1:314845/140‑1 (MQ=255) aGATCCAAAACATAGTCTGATACTCCTATACTAAAATTAATACGCTACCAACGCCAGCACCGATGCCAAACGCAGTAACCAATGCTTCTAATGATTTCGTTGTGAACATCAACATGTGTCCACCAAATAAATCTTGTAtt < 1:149639/140‑1 (MQ=255) 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ccaAATAAATCATGTATTGCGTTTGTTATTAATACACCAGGAACAATAGGCAGCACTGACGCAATGAGAGTAGATGCCAAATCACGTGTTGGAGAAAGTCTAGGTCCAATAACGGCGATAATCCCAATAACTACTGAAcc > 2:89452/1‑140 (MQ=255) aatCTTGTATTGCGTTTGTTATTAATACACCAGGAACAATAGGCATGACTGCCGCAATGATAATAGTTGCCAAGTCACCTGTTGGAAAAAGTGTATGTCCAATAACGACGATAATCCCAATAACATATTAACACATGAAt > 1:114443/1‑140 (MQ=255) | TTTAAGATCCAAAACATAGTCTGATACTCCTATACTAAAATTAATACGCTACCAACGCCAGCACCGATGCCAAACGCAGTAACCAATGCTTCTAATGATTTCGTTGTGAACATCAACATGTGTCCACCAAATAAATCTTGTATTGCGTTTGTTATTAATACACCAGGAACAATAGGCATGACTGCCGCAATGATAATAGTTGCCAAGTCACCTGTTGGAATAAGTGTATGTCCAATAACGGCGATAATCCCAATAACTAATGAACCAATGAAT > CP000730/642559‑642831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |