| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | CP000730 | 329255 = | 86 (1.150) | intergenic (+123/+20) | USA300HOU_0295/USA300HOU_0296 | hypothetical membrane protein/hypothetical protein | |||||
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| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTATTCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA > CP000730/329064‑329341 | ttATTCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATaaa > 2:292172/1‑141 (MQ=255) tATTCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAg < 1:555658/141‑1 (MQ=255) aTTCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGc > 2:676975/1‑141 (MQ=255) aTTCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGc > 2:298383/1‑141 (MQ=255) tCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGa < 1:148885/141‑1 (MQ=255) aaGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAcc < 1:239572/141‑1 (MQ=255) aaGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGAcc < 1:241706/141‑1 (MQ=255) aCGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAt > 1:372694/1‑141 (MQ=255) cGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtt > 2:642182/1‑141 (MQ=255) cGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAAtt > 2:492893/1‑141 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(MQ=255) ttttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAt < 1:152588/141‑1 (MQ=255) ttttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTATGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGAt < 2:703585/141‑1 (MQ=255) tttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATg < 1:500264/141‑1 (MQ=255) tttATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATg < 1:61727/141‑1 (MQ=255) ataATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGtt < 1:545580/141‑1 (MQ=255) taATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTc < 2:100328/141‑1 (MQ=255) taATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTc > 1:566829/1‑141 (MQ=255) cGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtga < 2:199224/141‑1 (MQ=255) gAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtgat < 2:536837/141‑1 (MQ=255) aaTAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtgatg < 2:516226/141‑1 (MQ=255) aTAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTtgatga < 1:373065/141‑1 (MQ=255) aaCATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGaaa > 2:700311/1‑141 (MQ=255) aCATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAAc < 1:676975/141‑1 (MQ=255) aTACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGa > 2:420727/1‑141 (MQ=255) aCAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGata < 2:190900/141‑1 (MQ=255) cAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGCCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGatat < 2:350103/141‑1 (MQ=255) aaTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATAtt < 2:787033/141‑1 (MQ=255) aTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTc < 1:700311/141‑1 (MQ=255) aTAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTc < 2:339764/141‑1 (MQ=255) tAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCa < 1:612729/141‑1 (MQ=255) | TTATTCAAGACGATAGTGCCACTAGTTGTTACGACTTGGATTATTATAGCTACAATTATACTTTCGTAAACGATTTTGATTAATGGGGAATGTAGAGAACATTTCTTTGTAATTTTATAATCGAATAACATACAAAATAAAGCGACCAATTTTGCAGTGTTACGAATTGTAAACTGCGAACTGGTCGCTTTTTATTGATGTCATGATTAATTTAATGGATGTAATTATATGATGAAACTTCTGAAGCAGAGATGGTTCTTGATGAAACGATATATTCA > CP000730/329064‑329341 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |