BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	CP000730	512620 =	102 (1.260)	54 (0.940) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	44/196	0.3	42.7%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
*	?	CP000730	1998278 =	NA (NA)	54 (0.940) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	44/196	0.3	42.7%	intergenic (‑6/+5)	USA300HOU_t0050/rrf4	tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

Only 100 of 179 total aligned reads displayed.

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512481‑512759

gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:861838/1‑141 (MQ=255)

 cacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaa                                                                                                                                            <  2:182086‑M1/3‑1 (MQ=255)

   cacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaa                                                                                                                                          >  1:41357‑M1/137‑141 (MQ=255)

    gTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAg                                                                                                                                         >  2:274344/1‑141 (MQ=255)

     cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                        <  1:298150‑M1/7‑1 (MQ=255)

       tgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTa                                                                                                                                      <  1:369573‑M1/9‑1 (MQ=255)

         gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    >  1:80393/1‑141 (MQ=255)

         gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATCACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    >  2:596683/1‑141 (MQ=255)

          tACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAgctcatg                                                                                                                                   >  2:109712/1‑135 (MQ=255)

          tACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTg                                                                                                                                   <  2:435452/141‑1 (MQ=255)

           cccatgccgaacacagaagttaagctgcttagcgtcgatggtagtcgaacttacattccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  >  2:691273‑M1/129‑141 (MQ=255)

           aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  <  2:633314/141‑1 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                                >  1:745481‑M1/127‑141 (MQ=255)

             catgccgaacacagaagttaaacaccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaaaaaAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                                >  2:804433‑M1/127‑141 (MQ=255)

              gATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACtt                                                                                                                               >  2:228936/1‑141 (MQ=255)

                   cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                          >  1:363105/1‑141 (MQ=255)

                    aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         <  1:845440/141‑1 (MQ=255)

                      aGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTta                                                                                                                       <  1:3103/141‑1 (MQ=255)

                       ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                      >  2:205686/1‑141 (MQ=255)

                       acagaggttaagttccttagcgtcgatggtagtcgaggttgcgttgcgctagagtagaacgtggcgaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                      >  2:811223‑M1/117‑139 (MQ=255)

                          gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                   >  2:234914/1‑141 (MQ=255)

                            aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                 <  1:254489/141‑1 (MQ=255)

                             gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt                                                                                                                >  2:290071‑M1/111‑141 (MQ=255)

                             aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                >  2:650171/1‑141 (MQ=255)

                             aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                >  1:804115/1‑141 (MQ=255)

                                 ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGAATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                            <  2:557398/141‑1 (MQ=255)

                                 agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtat                                                                                                            <  1:218906‑M1/35‑1 (MQ=255)

                                   ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                          >  1:83656‑M1/105‑141 (MQ=255)

                                      cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                       <  1:294193‑M1/40‑1 (MQ=255)

                                       ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                      <  2:700871/141‑1 (MQ=255)

                                         gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAAATCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                    >  1:337628/1‑141 (MQ=255)

                                            aaGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                                 <  2:573663/141‑1 (MQ=255)

                                              cgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGt                                                                                               <  2:323369‑M1/48‑1 (MQ=255)

                                                atggtagtagaacttacgttccgctagagtagaacgtagccaggcaggtttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                             >  2:399829‑M1/92‑141 (MQ=255)

                                                aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                             >  2:244980/1‑141 (MQ=255)

                                                aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                             >  1:187092/1‑141 (MQ=255)

                                                  tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           >  2:44617/1‑141 (MQ=255)

                                                   ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                          <  1:731403/141‑1 (MQ=255)

                                                     agtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                        >  1:135469‑M1/87‑141 (MQ=255)

                                                      gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAGAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGa                                                                                       <  1:797943‑M1/56‑1 (MQ=255)

                                                          ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATATTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                   >  1:20059/1‑141 (MQ=255)

                                                            tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑Tg                                                                                <  1:485484/141‑1 (MQ=255)

                                                            tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑Tg                                                                                <  2:187092/141‑1 (MQ=255)

                                                                taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                        >  2:204584/1‑114 (MQ=255)

                                                                taGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                        <  1:204739/114‑1 (MQ=255)

                                                                  gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACAtt                                                                          <  1:530730/141‑1 (MQ=255)

                                                                   tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTg                                                                         >  2:589178/1‑141 (MQ=255)

                                                                   tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTg                                                                         <  1:145665/141‑1 (MQ=255)

                                                                    ccactagagtaaaacgttgccaggcagttttttaatcaaaaaaaagataaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGa                                                                        >  2:605217‑M1/72‑141 (MQ=255)

                                                                    atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGa                                                                        >  2:236662/1‑141 (MQ=255)

                                                                       tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGaaaa                                                                     <  2:278024/141‑1 (MQ=255)

                                                                       tatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGaaaa                                                                     <  1:389082/141‑1 (MQ=255)

                                                                         agagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACt                                                                   >  2:151569‑M1/67‑141 (MQ=255)

                                                                          ttgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTg                                                                  >  2:487397/1‑141 (MQ=255)

                                                                          gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTg                                                                  <  2:584‑M1/76‑1 (MQ=255)

                                                                          aagtagaacgttgcaaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTg                                                                  >  2:483169‑M1/66‑141 (MQ=255)

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                                                                              agaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATCAAATGTATAATTAATTCTTNTCGGTAAGAAAAA‑TGNACATTGAAAACTGAATg                                                              >  1:442759‑M1/62‑141 (MQ=255)

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                                                                                aacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                            <  1:871690‑M1/82‑1 (MQ=255)

                                                                                 ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                           >  2:639882/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                          >  2:369694/1‑141 (MQ=255)

                                                                                   gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAat                                                         <  2:601710‑M1/85‑1 (MQ=255)

                                                                                    aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                        <  2:147066/141‑1 (MQ=255)

                                                                                     aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  <  2:349204/99‑1 (MQ=255)

                                                                                         aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                                   >  2:290274‑M1/51‑141 (MQ=255)

                                                                                            cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                >  1:587042‑M1/48‑141 (MQ=255)

                                                                                             aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTGTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                               >  1:567768/1‑141 (MQ=255)

                                                                                               ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                             >  2:802151/1‑141 (MQ=255)

                                                                                               ctcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTa                                             >  1:683585/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                 ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                           <  2:454811‑M1/99‑1 (MQ=255)

                                                                                                   ttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                                         >  2:602709‑M1/41‑141 (MQ=255)

                                                                                                      tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                      >  1:21498/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                          aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAACGC‑CGAACATTGCCAAACGAATGAAAATATGTCAACGTTAATTccaaaaca                                  <  1:258538‑M1/108‑3 (MQ=255)

                                                                                                          aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGACAGAAAAAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa                                  <  2:80393/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                             tAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTGAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACAAAAAAACGt                               >  2:728835/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                              aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                              <  1:630763/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                ggttaaaaactaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            <  1:766402‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                            <  2:519688‑M1/114‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                           <  1:457629‑M1/115‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                       >  1:752629‑M1/23‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTAAAAATAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                       >  2:698711‑M1/23‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa                       >  2:508076/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        aataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATCAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAacgtaacttatagtt                    >  2:749671‑M1/20‑134 (MQ=255)

                                                                                                                          taaaattgacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                  <  1:60358‑M1/124‑1 (MQ=255)

                                                                                                                            aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa                >  2:682067/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             aatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaaa               >  1:471542‑M1/15‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              aaaaaATAACTATAACAAGTTATTCAATTATATGTTAAGAAAATGTAAAAGTAAGTCTTGCCGATAAGAAAAG‑AGAACATTAAAAACTGAACGACACTATGTCAACGAAAATACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAAc              <  2:681091/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                                                gtacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAAACCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACa             >  2:310426‑M1/12‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta          <  1:371113‑M1/132‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   ttaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat         <  1:417002/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAANATTAttt       >  2:655112/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt       >  2:75560/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      gataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa      <  2:620711‑M1/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                         aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa   >  1:439380‑M1/3‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                          aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATttagaat  <  2:549219‑M1/140‑4 (MQ=255)

                                                                                                                                          aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt  <  1:837745‑M1/140‑1 (MQ=255)

GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAA‑TGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAT  >  CP000730/512481‑512759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.