Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 39,378 | C→A | D586Y (GAT→TAT) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 39,378 | 0 | C | A | 94.7% | 119.2 / ‑2.4 | 38 | D586Y (GAT→TAT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (18/18); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
GCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > CP000730/39245‑39513 | gCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAAGTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTa > 1:13700/1‑141 (MQ=255) ccATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTAt < 2:93120/141‑1 (MQ=255) tcatGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGttt < 1:220323/141‑1 (MQ=255) ggATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATGTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACg < 1:192884/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTTTCTTTTAATAAGt > 2:195168/1‑141 (MQ=255) ttAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGt > 1:99703/1‑141 (MQ=255) tGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGc > 1:170678/1‑141 (MQ=255) aTAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGtt < 2:305710/141‑1 (MQ=255) tAAGGTCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGAGTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTa < 2:326930/141‑1 (MQ=255) aGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAat > 2:134003/1‑141 (MQ=255) aGATCTAGAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAat > 1:326930/1‑141 (MQ=255) gATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAata > 1:143677/1‑141 (MQ=255) gATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAata > 1:150797/1‑141 (MQ=255) tataAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGc < 2:357637/141‑1 (MQ=255) taAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCa < 1:290830/141‑1 (MQ=255) aaTATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatt > 1:358535/1‑141 (MQ=255) | GCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > CP000730/39245‑39513 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |