| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 895785 = | 125 (0.730) | 13 (0.090) | 5/262 | 12.4 | 9.2% | coding (806/822 nt) | metQ | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| ? | CP000730 | = 909740 | 147 (0.970) | intergenic (‑663/‑371) | ear/USA300HOU_0868 | Ear protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/895944‑895785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatttagcaggaataaTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCT < CP000730/909740‑909593 ATGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCCCAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGTTATTATTT > 2:1335296/1‑149ATGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTT > 1:1666982/1‑149ATGCCCTCAAAACTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTT < 1:774544/149‑1 tgctcgCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTA < 2:8391/143‑1 TGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATGCCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTA < 1:1576510/149‑1 TGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTA < 1:589021/149‑1 TGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATT‑TTTAG < 2:638170/149‑1 TGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTGATTACAGGGTTTTTTTATGTAATTGGTATTATTTA < 2:871057/149‑1 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAATGGGTATTTTTATTTATTTGGTATTTTTTAGa > 2:66943/1‑148 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGC > 1:1101587/1‑149 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCACATTTTGTGACCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCACTTAATCGGTGTTCTTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTCTTATTTAGa > 1:755519/1‑148 GCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCA < 1:794475/149‑1 CTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAG < 1:1496293/149‑1 CAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGA < 1:192983/149‑1 AAAGCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAA < 2:1157941/149‑1 cCTGATCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCAATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTCATTTAATTGGTATTACTTAGCAAGAATAA < 2:229133/148‑1 atcTACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAA < 1:1625179/146‑1 ataatCTGCACATTTTGTCGCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATTACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGATATTTTTATTTAATTCGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAA < 2:1572662/144‑1 ATATACTGCTCGTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAA < 2:1199947/149‑1 ATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAA < 2:652301/149‑1 ATATACTGCCCCTGTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAA < 1:1364549/149‑1 ATAAACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGCACTTAGTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAA < 1:822855/149‑1 CTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATTACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTG < 2:1356792/149‑1 tCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTT < 1:1580889/148‑1 CCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATA < 2:22323/149‑1 CCTGTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCTTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATA < 1:225148/149‑1 TTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTTTTATTTTGCAGGAATACTTAGCCAGATTATCAGGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAA > 2:276495/1‑149 TTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAA > 1:737362/1‑149 TTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTATATTTAATTGGTGTTATTTAGAAGGAATAATTAGCCAGATTATCACGGAAGTTCAAGAGCAATCAAAACATTGGTATATATGCgtggataa > 2:1333765/1‑141 TTATGTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGA < 1:666131/149‑1 TAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACA > 2:313310/1‑149 CAGGACTAAATAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATGTTCAAGATAATTTATTATTCATACCATTGCCCTTTGTTTCAAAATAATGCCGTTTTTTTGTCCTTGAAGACAtac > 2:872531/1‑146 CAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGATAACAACC > 2:1444177/1‑149 CAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC > 1:1676154/1‑149 CAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC > 2:182220/1‑149 CAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC > 2:1443094/1‑149 CAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAAACAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATAACCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACC > 2:1136367/1‑149 CAGGAATAATTAGCCAGAGTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATAAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTAATTATTCGTACCCTTGCCCTTTGTTTCCAAATTCAGCCCTTTTTTTCCCCTTCAAAACAACC > 2:1162903/1‑149 AGGTATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATGCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCc > 2:1529360/1‑148 AGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCA > 2:80313/1‑149 GGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCAC > 2:1661934/1‑149 GGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGAAAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCAC > 1:258379/1‑149 AATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATATCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACAC < 2:1112171/149‑1 AATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACAC < 2:1555503/149‑1 ATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATGATGCAATTTTTTTGCTCTTGAAAAAAACCAaccc > 1:1139003/1‑145 AATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCC < 2:439575/149‑1 ATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCT > 1:668113/1‑149 ATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCT < 1:216080/149‑1 ATGCGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/895944‑895785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatttagcaggaataaTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAACCACACTCCT < CP000730/909740‑909593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |