| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,329,645 | C→T | P281L (CCA→CTA) | glpD → | glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,329,645 | 0 | C | T | 99.2% | 422.1 / NA | 130 | P281L (CCA→CTA) | glpD | glycerol‑3‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (60/69); minor base G (1/0); total (61/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |