| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP000730 | 1,481,355 | G→T | A6890E (GCA→GAA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 98.6% | 431.9 / ‑2.7 | 141 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (67/70); total (70/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AAGTTACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGCAGTTACCGC > CP000730/1481211‑1481500 | aaGTTGCCCATGGCTGTATTCAGTTCCTGGGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCCACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCAtt < 2:460631/149‑1 (MQ=255)aaGTTACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCAtt < 2:354966/149‑1 (MQ=255) ttACCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGATTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGAAGTTACCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGtt > 2:224478/1‑149 (MQ=255) aCCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGtttt < 1:1665119/149‑1 (MQ=255) aCCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTCTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGtttt < 2:864215/149‑1 (MQ=255) cccATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTGGATAAG‑GTTTGGTTTTCATTGttttt > 1:1511190/1‑149 (MQ=255) cATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTAGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGCGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTGTTac > 1:1042999/1‑148 (MQ=255) aTCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAT‑GTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGc > 1:1434687/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |