Predicted mutation | ||||||
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RA | CP000730 | 2,010,363 | C→T | C146Y (TGT→TAT) | ygaD ← | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 2,010,363 | 0 | C | T | 98.5% | 448.3 / NA | 135 | C146Y (TGT→TAT) | ygaD | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (60/73); minor base A (1/1); total (61/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
CTTGAGATCTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTATAACTTTTT > CP000730/2010217‑2010508 | attgcaaTCGTTCACGTGTAGATGTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCCAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAAAAATAATTGTTATATaa > 2:1664850/7‑149 (MQ=255) ttGAGATCTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCACTAATAATTGTTATATAAt > 2:1639471/1‑149 (MQ=255) ttGAGATCTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCTAAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt > 1:633862/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |