| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,143,110 | G→A | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 → | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,143,110 | 0 | G | A | 99.3% | 456.7 / NA | 144 | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_2026 | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (71/72); total (72/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |