| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 638,614 | G→T | T14K (ACA→AAA) | thiD ← | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 638,614 | 0 | G | T | 99.5% | 614.0 / NA | 187 | T14K (ACA→AAA) | thiD | phosphomethylpyrimidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (67/119); total (68/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAATCATT > CP000730/638478‑638758 | atcctctGGTAATGGTGTAACATCGGTGGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCgg < 2:81255/143‑1 (MQ=255) tCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCAGACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc > 2:1092621/1‑149 (MQ=255) ccATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAGCGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCa < 2:338424/149‑1 (MQ=255) aTTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAAt < 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aCTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATAGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAAtcatt < 2:882769/149‑1 (MQ=255) | ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAATGAATCATT > CP000730/638478‑638758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |