| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP000730 | 1,058,293 | G→A | A1215V (GCA→GTA) | atl ← | bifunctional N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase/mannosyl‑glycoprotein endo‑beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 1,058,293 | 0 | G | A | 98.9% | 566.8 / NA | 186 | A1215V (GCA→GTA) | atl | bifunctional N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase/mannosyl‑glycoprotein endo‑beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base A (108/74); minor base C (2/0); total (112/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCATTGATGTTAGCCCAATCTACATCTGTAGCATATTGGTGTGTTCCTGGATGTGCAGGATTCCATCTCATTTTGTAAAGTGTATTTTGACCAGCTTTTACATATGAGTTGCCGATGAATTTAGCACCACCAACGATTGCTTTTGATACTGTGTCCCAACCAGCTTGTTTAGCATATTTAATACCTTCACGTAAAGGATC > CP000730/1058147‑1058438 | gATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCATTGATGTTAGCCCAATCTACATCTGTAGCATATTGGTGTGTTCCTGGATGTACa > 2:152310/1‑149 (MQ=255) cTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATATTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCATTGATGTTAGCCCAATCTACATCTGTCGCATATTGGTGTGTTCCTGGATGTACAGGAt > 2:1561784/1‑149 (MQ=255) tATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCATTGATGTTAGCCCAATCTACATCTGTAGCATATTGGTGTGTTCCTGGATGTACAGGAtt > 1:320592/1‑149 (MQ=255) aTGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCATTGATGTTAGCCCAATCTACATCTGTAGCATATTGGTGTGTTCCTGGATGTACAGGATTc 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aTGTACAGGATTCCATCTCATTTTATAAGGTGTATTTTAACAAGCTTTCACATAGGAGTTGCTGATGCATTTAGCACCACCAACGATTGCTTTTGATACTGTGTCCCAACCAGCTTGTTTAGTATATCTAATACCTTCACGTAAAGGAt < 2:1706810/149‑1 (MQ=255) | GATCCTATGTTCATGTTGCTTATTTATATTGTGGGATGTCGAAGTATTTGCCGACTTCGCCAATTTTATCATAGTAGCCTTTGATGATTTTAGCATTGATGTTAGCCCAATCTACATCTGTAGCATATTGGTGTGTTCCTGGATGTGCAGGATTCCATCTCATTTTGTAAAGTGTATTTTGACCAGCTTTTACATATGAGTTGCCGATGAATTTAGCACCACCAACGATTGCTTTTGATACTGTGTCCCAACCAGCTTGTTTAGCATATTTAATACCTTCACGTAAAGGATC > CP000730/1058147‑1058438 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |