New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	512620 =	35 (1.250)	23 (1.260) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC	21/170	NT	50.6%	intergenic (+688/‑173)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
	?	CP000730	2176447 =	34 (1.220)					noncoding (114/114 nt)	rrf5	5S ribosomal RNA

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  CP000730/512480‑512758                                                                                                                                             |                                                                                                                                           gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacacgctaaa                                                                                                                                            <  2:7050‑M1/1‑1 (MQ=255)  tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa                                                                                                                                           <  1:273002‑M1/2‑1 (MQ=255)    acacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaa                                                                                                                                         <  1:41756‑M1/4‑1 (MQ=255)      acctgttcccatgcggaacacagaagttaagctccttcgcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttaccaggcagttttttgatcacattttggctgccccataaaatggaaaacataaaaaaat                                                                                                                                       <  2:249313‑M1/6‑2 (MQ=255)       cctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggcagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttcaaaaagaaaatggacaagataaAAAAAGt                                                                                                                                      <  2:217312‑M1/7‑1 (MQ=255)            tcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttactcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAATTTatta                                                                                                                                 <  1:122045‑M1/12‑2 (MQ=255)             aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                <  2:327761/141‑1 (MQ=255)              cAGATGACAAAGGTGCAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAACCAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTgca                                                                                                                               >  2:327058/1‑139 (MQ=255)               catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttgcgttccgctagagtggaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaacaaataaaatggacaggttaaATAAGGTTattggct                                                                                                                              <  2:9753‑M1/15‑4 (MQ=255)                   gACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaaa                                                                                                                          >  1:114632/1‑141 (MQ=255)                   ccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaaa                                                                                                                          <  1:32872‑M1/19‑1 (MQ=255)                     aaaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATg                                                                                                                        <  2:87614/140‑1 (MQ=255)                      aaaGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                       <  1:186604/141‑1 (MQ=255)                       acacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGtt                                                                                                                      <  1:135981‑M1/23‑1 (MQ=255)                        cacagaagttaagctccttggcgtcgatggtagtcgatattacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATgttg                                                                                                                     >  1:61725‑M1/118‑140 (MQ=255)                          cagaagttaagctccttagagtagatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAatgttgat                                                                                                                   <  2:65990‑M1/26‑4 (MQ=255)                            gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                 >  2:253438/1‑141 (MQ=255)                                    gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                         <  1:122177‑M1/36‑1 (MQ=255)                                     ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa                                                                                                        >  2:102830‑M1/105‑141 (MQ=255)                                       tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt                                                                                                      <  1:125950/141‑1 (MQ=255)                                        cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGATATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                     <  2:186825‑M1/40‑1 (MQ=255)                                          tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                                   >  2:100373‑M1/100‑141 (MQ=255)                                            gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaattt                                                                                                 <  2:8196‑M1/44‑2 (MQ=255)                                              gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttatttatattttggttaaaaaagaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt                                                                                               <  2:166532‑M1/46‑1 (MQ=255)                                                  atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                           >  2:273002‑M1/92‑141 (MQ=255)                                                  aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                           >  2:136746/1‑141 (MQ=255)                                                    ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttattcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAATAGTTATTGACTTAGATATTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                         <  2:250217‑M1/52‑1 (MQ=255)                                                     gtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTTAAATTACTTCTTGTCGGTa                                                                                        <  1:195557‑M1/53‑1 (MQ=255)                                                       gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                      <  1:171238/141‑1 (MQ=255)                                                          aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa                                                                                   >  1:318548/1‑141 (MQ=255)                                                                 ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaacactgctc                                                                            <  2:252703/141‑9 (MQ=255)                                                                    gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                         >  1:72199/1‑141 (MQ=255)                                                                     tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                        >  2:312396‑M1/73‑141 (MQ=255)                                                                      ccgctagagtagaacgatgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGa                                                                       <  1:170646‑M1/70‑1 (MQ=255)                                                                       tttatttGTTGAGGCAACCAAAACAACTCAACTTAAGAACTAACTTGAATTACTAACGAAACTTAATTTTAACCAGTTCTTAACTTAAATGTGAATAAAATGTATAATTCATTCGTGACGGAAAGAAAATGGAACAGTGaa                                                                      >  2:174084/1‑141 (MQ=255)                                                                         tatttGTTGAAACAAACAAATCAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACTATAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                    <  2:256755/141‑1 (MQ=255)                                                                          aagagtagaacgttgccacgcagttttttaatcaaattttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                                   >  2:75785‑M1/68‑141 (MQ=255)                                                                           agagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                  >  1:286039‑M1/67‑141 (MQ=255)                                                                              gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                               >  1:39643/1‑141 (MQ=255)                                                                                 gaacgttgccaggcagttttttcgcgtaaagagggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                            <  1:331479‑M1/81‑1 (MQ=255)                                                                                   ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                          >  1:283500/1‑141 (MQ=255)                                                                                   ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                          >  1:147034/1‑141 (MQ=255)                                                                                        acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAATTGAACATTGAACACTGAATGACAAtgtg                                                     >  1:298795/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                            acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGCCAATATGTCAAc                                                >  2:117857/1‑141 (MQ=255)                                                                                             acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACAATGTCacc                                                >  1:22977/1‑139 (MQ=255)                                                                                             acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACGAACGAAAATGAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACGTGGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc                                                >  2:325834/1‑141 (MQ=255) 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AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTA  >  CP000730/512480‑512758

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.