BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,133	A→G	28.8%	V140A (GTA→GCA)	tpn ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
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*	CP000730	36,133	0	A	G	28.8%	209.8 / 150.6	204	V140A (GTA→GCA)	tpn	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/84); new base G (30/28); total (89/115)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.21e-01

Only 100 of 206 total aligned reads displayed.

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCA  >  CP000730/35994‑36273

 gCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTAcc                                                                                                                                            <  1:32531/141‑1 (MQ=255)

      tttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCATGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                       <  2:49060/140‑1 (MQ=255)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                      >  2:254025/1‑141 (MQ=255)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                      >  2:125598/1‑141 (MQ=40)

        tGATACTTTGATATCTTGTCTCTCTTACTTTAATATGACGGTGATTTTGCTCAATAAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACACTAACAGTCAGGTCCAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGCTGCCTTCCTTg                                                                                                                                     >  2:7615/1‑141 (MQ=11)

         gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCATTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                                    >  1:223444/1‑141 (MQ=255)

           tACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAg                                                                                                                                  <  1:45017/141‑1 (MQ=255)

            aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAgg                                                                                                                                 <  2:187069/141‑1 (MQ=255)

              tttGGTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg                                                                                                                               <  2:96192/141‑1 (MQ=255)

               ttGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTTCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                              <  1:164842/141‑1 (MQ=255)

               ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                              >  1:51263/1‑141 (MQ=255)

               ttGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                                                              <  1:276640/141‑1 (MQ=39)

                 gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                            >  2:240310/1‑141 (MQ=255)

                 gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATAGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTAATTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                            >  2:327508/1‑141 (MQ=255)

                  gttctttggcttctttACTTTGATTTGACGTTGATCTTGCTCAATGAGGTTTTTCA‑GATATTTGGATGTACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAGGCTTTATTTACTTTAACCATTGTTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                           <  2:248108/127‑1 (MQ=11)

                  atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                           >  2:263660/5‑141 (MQ=255)

                  acaCCTTGTCTGCCGTAGTGTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCtt                                                                                                                           >  2:154460/3‑140 (MQ=11)

                  aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                           >  1:70796/1‑141 (MQ=255)

                  aTACCATGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                                                                           >  1:263515/1‑141 (MQ=255)

                    atcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt                                                                                                                         <  1:103706/139‑1 (MQ=255)

                     ccTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                                        <  1:93017/141‑1 (MQ=255)

                     ccTTGCTTTTCTTACTTCAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                                        <  1:2257/141‑1 (MQ=11)

                       ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                                      >  2:273434/1‑141 (MQ=255)

                       ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg                                                                                                                      >  1:219918/1‑141 (MQ=39)

                        tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                                                                     <  2:115147/141‑1 (MQ=255)

                          tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                                   <  2:218223/141‑1 (MQ=255)

                            tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTTTGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                                 >  1:243066/1‑141 (MQ=255)

                            tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                                 >  2:303111/1‑141 (MQ=255)

                             ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                                <  1:264823/141‑1 (MQ=255)

                             ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAATCCGCAAGTCGTTTAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                                <  1:331188/141‑1 (MQ=14)

                                ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATTGTGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                                             <  1:160235/141‑1 (MQ=14)

                                ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                                                             <  1:203724/141‑1 (MQ=255)

                                ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCt                                                                                                             >  2:1357/1‑141 (MQ=255)

                                  atttaaaTATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCA‑GATAGTTCGATGTACAATGGCACTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                                           <  1:23223/136‑1 (MQ=11)

                                    tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTg                                                                                                         <  2:247021/141‑1 (MQ=255)

                                     ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGGGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTACTTACCTTTTgg                                                                                                        >  1:74633/1‑140 (MQ=255)

                                       aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTATTTACTttttaatg                                                                                                      >  1:169261/1‑137 (MQ=255)

                                         tctGACGGTGATCTTGCTAAATGAGGTTATTCA‑GACATCTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTCTAACCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt                                                                                                    <  1:193018/139‑1 (MQ=11)

                                           tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATACA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTa                                                                                                  >  1:211029/1‑141 (MQ=11)

                                            gACGGTGATCTTGCTCCATGAGGTTATTCA‑GATATTTCAATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                                 <  2:255979/141‑1 (MQ=255)

                                            gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                                 <  2:163710/141‑1 (MQ=255)

                                             gcGGTGGTCTTGCGCAATGGGGTTATTCA‑GATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTCGAGGTTTAcc                                                                                                <  2:170946/140‑1 (MQ=11)

                                               ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaa                                                                                              >  1:166910/1‑141 (MQ=18)

                                                gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                                                             >  2:173201/1‑141 (MQ=17)

                                                  gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                                                           <  1:63820/141‑1 (MQ=32)

                                                      ttGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt                                                                                       >  1:72429/1‑141 (MQ=255)

                                                       tGCTCAGTGAGGTTATTCA‑GATAATTCGAGGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCGTTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTCCCTTTTGAGGTTTACCCACTTGTTTa                                                                                      >  2:322591/1‑141 (MQ=11)

                                                        gCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                                     >  2:324005/1‑141 (MQ=12)

                                                        gCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGGTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                                     <  1:277501/141‑1 (MQ=12)

                                                        gCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                                                                     >  1:143608/1‑141 (MQ=255)

                                                         gtCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                                                                    <  2:224549/140‑1 (MQ=17)

                                                           cAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                                                                  <  2:25654/141‑1 (MQ=11)

                                                            aaTGAGGTTATTCA‑GCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                                 >  1:247914/1‑141 (MQ=255)

                                                             aTGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgaga                                                                                >  1:109228/1‑141 (MQ=32)

                                                              tGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCCGATCTGTAATTACCGTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc                                                                               >  2:210693/1‑141 (MQ=255)

                                                               gAGGTTATTCA‑GATACTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTACGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTCTTTAATGTGACg                                                                              <  1:235422/141‑1 (MQ=11)

                                                                aGGTTATTCACGAT‑TTGCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCCCTTCGTTTTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTTTCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                             <  2:6774/141‑1 (MQ=11)

                                                                aGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGCCGGTGAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                             >  1:297244/1‑141 (MQ=255)

                                                                aGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                             >  1:137641/1‑141 (MQ=32)

                                                                  gTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTCCGTTGAAGGTGCCTTATCTTTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                                                                           <  2:152037/141‑1 (MQ=11)

                                                                   ttATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                          >  2:255546/1‑141 (MQ=12)

                                                                    tactCA‑TATAATTAGATGTACGATGACAGTTAGGTTTAAGGTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                                                                         <  2:197584/138‑1 (MQ=11)

                                                                     aTTCA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                                        >  2:315650/1‑141 (MQ=12)

                                                                     aTTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                                        >  1:117726/1‑141 (MQ=255)

                                                                      ttCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATa                                                                       >  2:60567/1‑141 (MQ=11)

                                                                        cA‑GATATTTCGATGTACCCTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTGGCGGCTTTGATGCCATTAAGAATTGCTGCCTGGGGTGAATGTTTCTGATCTGTAAGTAGCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                                     <  2:277969/141‑1 (MQ=2)

                                                                        cA‑GATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACGAAATCGTTTAATGAGACGTTTGATaga                                                                     >  2:179874/1‑139 (MQ=11)

                                                                        cA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa                                                                     <  1:125785/141‑1 (MQ=32)

                                                                           gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                                   <  1:2305/141‑1 (MQ=17)

                                                                            atatTTGGATTTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                                  <  2:42952/141‑1 (MQ=255)

                                                                            atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                                  >  1:322458/1‑141 (MQ=17)

                                                                            atatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc                                                                  <  1:3961/141‑1 (MQ=255)

                                                                             tatTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                                 <  1:59329/141‑1 (MQ=255)

                                                                              atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                                <  1:257062/141‑1 (MQ=17)

                                                                              atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                                <  1:169761/141‑1 (MQ=255)

                                                                                ttCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                              <  2:9152/141‑1 (MQ=11)

                                                                                  cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                            >  1:182092/1‑141 (MQ=17)

                                                                                  cGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                            <  1:54995/141‑1 (MQ=17)

                                                                                  cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                                                            <  1:301605/141‑1 (MQ=11)

                                                                                     tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                                         >  1:77801/1‑141 (MQ=12)

                                                                                      gTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGccgct                                                        >  2:81741/1‑137 (MQ=11)

                                                                                        aCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                                      >  2:267872/1‑141 (MQ=12)

                                                                                         cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGGTTACCAAATTGTTTATTGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                     >  1:288173/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                     >  1:187051/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         aaaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                     <  1:53548/140‑1 (MQ=11)

                                                                                          aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                    >  1:1902/1‑141 (MQ=14)

                                                                                          aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                    <  2:247614/141‑1 (MQ=14)

                                                                                          aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt                                                    <  2:297910/141‑1 (MQ=32)

                                                                                           aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                                   <  1:101734/141‑1 (MQ=32)

                                                                                             gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt                                                 <  1:153061/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                            taccttatacATTGCTACCTTCTTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTCATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTAACGCAACCAAATACCTAatgt                  <  2:309409/132‑1 (MQ=1)

                                                                                                                               tttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg               >  1:175105/1‑141 (MQ=2)

                                                                                                                               tttAGCCATTGCTACTCTCGTTGAAGATGCCTGATCTGGAATTACCTTTCGAGGTTTCCCAAATTGTTTAAGGGGACGTTTGCTACACGCATATTCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg               <  1:168161/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                 taaccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTc             <  2:205712/138‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                      aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATTTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGACACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct        <  2:128057/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                      aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct        <  1:10054/141‑1 (MQ=32)

                                                                                                                                        tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTgt      >  1:20090/1‑140 (MQ=17)

                                                                                                                                         gCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGGAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAACCGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCa     <  2:234454/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                          caaCCCTCGTTCAAGGTGCCTTATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCAt    <  1:282392/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                           tACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGTATc   <  2:334687/141‑1 (MQ=17)

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCA‑GATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATCA  >  CP000730/35994‑36273

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`