| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 512,643 | A→G | 43.5% | intergenic (+711/‑150) | recR → / → rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 512,643 | 0 | A | G | 43.5% | 17.8 / 73.5 | 65 | intergenic (+711/‑150) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/14); new base G (13/15); total (36/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > CP000730/512507‑512783 | gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGATGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa > 2:253438/1‑141 (MQ=255) gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata < 1:122177‑M1/36‑1 (MQ=255) ctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaa > 2:102830‑M1/105‑141 (MQ=255) tgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatt < 1:125950/141‑1 (MQ=255) cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGATATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta < 2:186825‑M1/40‑1 (MQ=255) tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat > 2:100373‑M1/100‑141 (MQ=255) gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaattt < 2:8196‑M1/44‑2 (MQ=255) gtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttatttatattttggttaaaaaagaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCtt < 2:166532‑M1/46‑1 (MQ=255) atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 2:273002‑M1/92‑141 (MQ=255) aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg > 2:136746/1‑141 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttattcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAATAGTTATTGACTTAGATATTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 2:250217‑M1/52‑1 (MQ=255) gtagtcgaacttacgttacgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTTAAATTACTTCTTGTCGGTa < 1:195557‑M1/53‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg < 1:171238/141‑1 (MQ=255) aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaa > 1:318548/1‑141 (MQ=255) ataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaacactgctc < 2:252703/141‑9 (MQ=255) gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGGCGGTAAGAAAAATGAACAtt > 1:72199/1‑141 (MQ=255) tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg > 2:312396‑M1/73‑141 (MQ=255) ccgctagagtagaacgatgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGa < 1:170646‑M1/70‑1 (MQ=255) tttatttGTTGAGGCAACCAAAACAACTCAACTTAAGAACTAACTTGAATTACTAACGAAACTTAATTTTAACCAGTTCTTAACTTAAATGTGAATAAAATGTATAATTCATTCGTGACGGAAAGAAAATGGAACAGTGaa > 2:174084/1‑141 (MQ=255) tatttGTTGAAACAAACAAATCAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACTATAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTCAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa < 2:256755/141‑1 (MQ=255) aagagtagaacgttgccacgcagttttttaatcaaattttgtttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc > 2:75785‑M1/68‑141 (MQ=255) agagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt > 1:286039‑M1/67‑141 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa > 1:39643/1‑141 (MQ=255) gaacgttgccaggcagttttttcgcgtaaagagggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa < 1:331479‑M1/81‑1 (MQ=255) ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa > 1:283500/1‑141 (MQ=255) ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa > 1:147034/1‑141 (MQ=255) acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTCTTGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAATTGAACATTGAACACTGAATGACAAtgtg > 1:298795/1‑141 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc < 2:91177‑M1/90‑1 (MQ=255) caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc < 2:257584‑M1/90‑1 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTTAAAACTGAATGACAATATGTCTAc > 2:161576/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGCCAATATGTCAAc > 2:117857/1‑141 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACACAATGTCacc > 1:22977/1‑139 (MQ=255) acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACGAACGAAAATGAATTTTAAAAAGATATTGACTTAAATGTTCATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACGTGGAAAACTGAATGACAATATGTCAAc > 2:325834/1‑141 (MQ=255) caactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATTTGTCAACg > 1:136196/1‑141 (MQ=255) ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAACTGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:50838‑M1/99‑1 (MQ=255) ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:50835‑M1/99‑1 (MQ=255) ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt < 1:292991‑M1/99‑1 (MQ=255) ttttaaacaaagtttggtaaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 2:21469‑M1/43‑141 (MQ=255) tggtaatcaaagttgggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt > 2:145899‑M1/43‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc > 1:88830/1‑141 (MQ=255) actTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTTAACGTTAATTc > 1:322336/1‑141 (MQ=255) tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:254838/141‑1 (MQ=255) tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:3674/141‑1 (MQ=255) aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAACGAACATTGAAAACTGAATGACAATGTGTCAACGTTAATTCCaaa < 1:182244/141‑1 (MQ=255) caaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAAGTCTTGGCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa > 2:41756‑M1/36‑141 (MQ=255) tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt > 2:32872‑M1/31‑141 (MQ=255) aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAGTAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAGATTAATTCCAAAAACCGTa > 2:162557/1‑141 (MQ=255) aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTGGTCGGTAAGAAACATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa > 1:264971/1‑141 (MQ=255) tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa < 2:186986‑M1/113‑1 (MQ=255) attGAATTACAAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc < 2:32958/140‑1 (MQ=255) aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATaa > 1:65990‑M1/23‑141 (MQ=255) aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGt > 2:122177‑M1/21‑141 (MQ=255) aCTAACGAAAATTAAGTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt < 2:193030/141‑1 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 1:61592‑M1/125‑1 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 2:72663/1‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt > 2:325743/1‑141 (MQ=255) aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAATTCCAAAAAACGTACCTATAAGTTAGAACCatgatta > 2:190070/1‑140 (MQ=37) tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt > 2:292259/1‑141 (MQ=255) aaAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTGATAAAATGTACAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa > 2:135981‑M1/3‑141 (MQ=255) aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt < 1:65998/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTATCGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAACGACAATATGTCACCGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttc < 2:169245/141‑2 (MQ=255) aaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt < 2:318548/141‑1 (MQ=255) aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACGTTATTTAGTATTTATGAGCt > 2:93557/1‑141 (MQ=255) ttGACGTCAATGTTAATAAAATTTATAATTCATGCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATGCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa < 2:301949/141‑1 (MQ=18) ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGACCGCTGAAGTACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat < 1:174084/141‑1 (MQ=18) ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcaa > 1:334102/1‑140 (MQ=255) aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATaa > 1:25958/1‑141 (MQ=255) | GTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAA > CP000730/512507‑512783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |