New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP000730 512620 =57 (0.980)34 (0.840)
+TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA
30/188 0.2 46.0% intergenic (+688/‑173) recR/rrs1 recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
?CP000730 1998278 = NA (NA)intergenic (‑6/+5) USA300HOU_t0050/rrf4 tRNA‑Val/5S ribosomal RNA

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

TTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTT  >  CP000730/512486‑512754
                                                                                                                                      |                                                                                                                                      
cctgttcccatgccgaacacagaaggtaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaaaataaa                                                                                                                                        <  2:154073‑M1/1‑1 (MQ=255)
      aCAGATGACAAATGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAATTTGAATTACTAATGAAAATTAATTATAAAAAGt                                                                                                                                  <  1:417744/135‑1 (MQ=255)
      aCAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGt                                                                                                                                  <  2:440732/135‑1 (MQ=255)
       cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGtt                                                                                                                                 >  1:105487/1‑135 (MQ=255)
       cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGtt                                                                                                                                 >  2:595242/1‑135 (MQ=255)
       cAGATGACAAAGGTGTAATTCTTACTGTTGTTAAGCAGTATGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAgat                                                                                                                                 >  2:297735/1‑133 (MQ=255)
        catgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAagtga                                                                                                                                <  2:578613‑M1/9‑3 (MQ=255)
        aGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTa                                                                                                                                <  2:262270/135‑1 (MQ=255)
         gATAACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTATTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt                                                                                                                               >  2:645244/1‑135 (MQ=255)
          aTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                              >  2:347181/1‑135 (MQ=255)
              cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                          >  2:431961/1‑135 (MQ=255)
              cAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACt                                                                                                                          >  2:564116/1‑135 (MQ=255)
              cAAAGGTGTAATTTTTACTATTGTTAAGAAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAAAGAAAATTAATTTTAAAACGTTATTGACt                                                                                                                          >  1:33872/1‑135 (MQ=255)
                 cacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTaa                                                                                                                       <  1:658109‑M1/18‑1 (MQ=255)
                 aGGTGGTATTTTTACTGTTGTTAAGGTGTTTGAAAGCTTGTATAGTATTTATTGGTTTAGGCAAACAAAACAACTTCACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTaa                                                                                                                       <  2:202839/135‑1 (MQ=255)
                        gttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttccgttccgctagagtagaacgttgccaggcaggttttaaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAAtgttga                                                                                                                <  2:297621‑M1/25‑3 (MQ=255)
                           aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgtggccagacagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaaaataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGttgatat                                                                                                             <  2:343248‑M1/28‑2 (MQ=255)
                             gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATaaaa                                                                                                           <  1:568112‑M1/30‑1 (MQ=255)
                                 cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaatttttgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                       >  2:486983‑M1/102‑135 (MQ=255)
                                 cttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                       >  2:93433‑M1/102‑135 (MQ=255)
                                  ttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagaatagaacgtagccaggcagttatttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggccaagatacAAAAAGTTATTGACTTAAATGttgctaaaaggcat                                                                                                      <  1:334565‑M1/35‑6 (MQ=255)
                                   tagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                     >  1:648812‑M1/100‑135 (MQ=255)
                                    gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                    >  1:229163/1‑135 (MQ=255)
                                    gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                    >  2:130574/1‑135 (MQ=255)
                                    gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                    >  1:646909/1‑135 (MQ=255)
                                    cttAAGCAGTCTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGTGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaa                                                                                                    >  2:126590/2‑135 (MQ=255)
                                    agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagcacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAATTGTAtaa                                                                                                    >  1:432496‑M1/99‑135 (MQ=255)
                                         cgatggtagtcgaacttacgtcccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat                                                                                               >  1:164537‑M1/94‑135 (MQ=255)
                                           atggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTc                                                                                             <  2:614579‑M1/44‑1 (MQ=255)
                                                gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTATc                                                                                        >  2:236889/1‑135 (MQ=255)
                                                gAAAGCCTGGATAGGATTTATCTGCTGGGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                        >  2:596353/1‑135 (MQ=255)
                                                agtcgaacttacgttccgattaagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCttgcc                                                                                        <  2:254784‑M1/49‑3 (MQ=255)
                                                 gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                       <  2:11998‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                                 gtcgaacttacgttccgctagagtagaacggtgccaggcagttttttaatcaaaatttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGATTAAATGTTGATAAAATGTCAAATGAATTATTGTCg                                                                                       <  2:397684‑M1/50‑1 (MQ=255)
                                                 aaaGCCTGTATAGTATTTATTTGTAGAGGAAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAAAAAATTATAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                       <  2:449658/135‑1 (MQ=255)
                                                   aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGt                                                                                     >  1:506669/1‑135 (MQ=255)
                                                     aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                   >  2:70633‑M1/82‑135 (MQ=255)
                                                     aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                   <  2:4904‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                                     aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCATGTCGGTaa                                                                                   <  2:140085‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                                     aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagatttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                   <  1:673629‑M1/54‑1 (MQ=255)
                                                      cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                  <  1:508071/135‑1 (MQ=255)
                                                      acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                  <  1:321453‑M1/55‑1 (MQ=255)
                                                        ttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                >  1:96475‑M1/79‑135 (MQ=255)
                                                          acgttccgcttgagtataacgttgccagacagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGAATTAAATGTTGATAAAATGTATAATTACTTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                              <  1:75383‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                                           cgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                             >  1:36420‑M1/76‑135 (MQ=255)
                                                            gttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                            >  1:501316‑M1/75‑135 (MQ=255)
                                                             ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                           >  1:181651‑M1/74‑135 (MQ=255)
                                                                   atttGTTGGGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAACTGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAtt                                                                     <  2:618475/135‑1 (MQ=255)
                                                                    tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                    <  2:291241/135‑1 (MQ=255)
                                                                    tctgttgCGGCAAACAAACCAACTCAACTTAATAAATAACGTGAATTACTAACGAAAATTAATTGTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                    <  2:263366/133‑1 (MQ=255)
                                                                         tgAGGCAAAAAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAGATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAc                                                               >  2:405079/1‑135 (MQ=255)
                                                                          gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATAAACATTGAAAACt                                                              >  2:512536/1‑135 (MQ=255)
                                                                           atgCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                             <  1:8403/133‑1 (MQ=255)
                                                                           aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAATATTCATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                             <  1:453855/135‑1 (MQ=255)
                                                                           aGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                             <  1:155151/135‑1 (MQ=255)
                                                                            ggCACACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAACGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                            >  1:630667/1‑135 (MQ=255)
                                                                            ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                            <  1:213228/135‑1 (MQ=255)
                                                                            acgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa                                                            <  1:61484‑M1/77‑1 (MQ=255)
                                                                              gttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                          <  2:164693‑M1/79‑1 (MQ=255)
                                                                                 acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGCAAACTGAATGAc                                                       <  2:141641/135‑1 (MQ=255)
                                                                                 acaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                       >  1:187157/1‑135 (MQ=255)
                                                                                  ccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACa                                                      >  2:295096‑M1/53‑135 (MQ=255)
                                                                                   caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                     <  2:58768‑M1/84‑1 (MQ=255)
                                                                                    aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGTATATTGAAAACTGAATGACAat                                                    >  1:574273‑M1/51‑135 (MQ=255)
                                                                                     aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                   >  2:51745/1‑135 (MQ=255)
                                                                                        agttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGt                                                <  2:391351‑M1/89‑1 (MQ=255)
                                                                                          ttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa                                              >  2:334565‑M1/45‑135 (MQ=255)
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                                                                                             aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                           >  2:254164/1‑135 (MQ=255)
                                                                                             aactTAAGAAATAACTTCAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                           <  2:589469/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                ttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTTAACGTTa                                        <  2:229163/135‑1 (MQ=255)
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                                                                                                  aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                      <  2:332450/135‑1 (MQ=255)
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                                                                                                     aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTAAATGAGAATATATCAACGTTAATTcc                                   >  2:85946/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                      aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATCAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAATAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                  >  2:349074/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                         aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCACCGTTAATTCCaaaa                               >  1:436324/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                         aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATACCaaaa                               >  2:442705/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                         aaCTTGAATTACTAACGAAAAATAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                               >  1:163221/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                            gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                            >  2:134921‑M1/27‑135 (MQ=255)
                                                                                                                aaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTAACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                        <  1:247225‑M1/113‑1 (MQ=255)
                                                                                                                aTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                        >  2:318176/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                aTTAATAACAAAAATTAATTTAAAAAAGTTAATGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGATAACTGAATGACAATATGTCAACGTAAAAACCAAAAAACGTaa                        <  2:371355/135‑1 (MQ=37)
                                                                                                                 ttACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAGACGTAAc                       <  2:77872/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  aaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGGAACt                      >  1:583577‑M1/21‑135 (MQ=255)
                                                                                                                    cTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                    <  1:251094/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                   >  1:437608/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                         gAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTTAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt               <  1:81368/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                          aaaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTCTTAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTa              <  1:132333/135‑1 (MQ=37)
                                                                                                                           aaaTTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAAATGAATGACAATATATCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTAc             <  1:645244/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                           aaaGTAATTGTAAATAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTCTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAATCGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc             <  2:386812/135‑1 (MQ=25)
                                                                                                                            aattaattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa            >  1:361849/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                                 attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat       >  2:222307/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                                   taaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta     >  1:498651‑M1/4‑135 (MQ=255)
                                                                                                                                    aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCTAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACaatat    >  1:297621‑M1/3‑135 (MQ=255)
                                                                                                                                     tAAAAAGTTATTGACTTAAAAGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt   >  1:429670/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                                     aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt   <  1:672488‑M1/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt   <  2:153612‑M1/134‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      aaaaaTTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt  <  2:658109/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      |                                                                                                                                      
TTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTT  >  CP000730/512486‑512754

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.