Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000730 | 35,970 | 0 | T | C | 62.4% | 458.3 / inf | 583 | E194E (GAA→GAG) | tpn | IS431mec transposase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 591 total aligned reads displayed.
AACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTT > CP000730/35848‑36104 | aatcacaAATCTATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGATAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGACCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCtttt < 2:659788/132‑1 (MQ=1) aatcACTACTATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCTGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCtttt < 1:194445/132‑1 (MQ=1) tatatATCATGTCGGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAGTTCGTGGCATTGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTAt < 1:234694/131‑1 (MQ=1) atatATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTAGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTAtt > 1:636735/4‑135 (MQ=1) 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aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgttta < 2:561217/135‑1 (MQ=255) tatcttCAATATCTCTTAAAGTATTCTTTGCGGTATTGCTACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACAGTGCTCGTACACAATGAGGTTATTCACATATTTCGTTGTACAATGACAGTCAGgtttaa < 2:253787/131‑1 (MQ=255) cATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagt > 1:294383/1‑135 (MQ=255) aTTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtt > 1:562054/1‑135 (MQ=255) ttCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt > 2:320061/1‑135 (MQ=255) ttCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttt > 2:583774/1‑135 (MQ=255) | AACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTT > CP000730/35848‑36104 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |