| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP000730 | 76,295 | 0 | T | C | 59.5% | 294.2 / inf | 659 | intergenic (+353/‑781) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (140/125); new base C (210/180); total (353/306) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 661 total aligned reads displayed.
CTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACA > CP000730/76163‑76427 | gTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGatata < 1:645087/135‑1 (MQ=34) gTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGatata > 1:320260/1‑135 (MQ=34) gTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGatata > 2:432944/1‑135 (MQ=35) ttGAATTTATAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATTTTAGTTTTATGCAT‑‑AG‑CTATCGTGatatat < 1:461182/135‑1 (MQ=11) tataatataaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑CAATCGTGATATATCTGAAat > 2:481913/1‑135 (MQ=255) ataatataatTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑CTATCGTGATATATCTGAAata < 1:618523/135‑1 (MQ=17) taatatgATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑CTATCGTGATATATCTGAAatat < 1:522213/132‑1 (MQ=12) taatataATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑CTATCGTGATATATCTGAAatat > 1:535229/4‑135 (MQ=12) taGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGATATATCTGAAatat < 2:374619/135‑1 (MQ=33) taGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGATATATCTGAAatat < 2:645682/135‑1 (MQ=32) 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CTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAG‑‑ATATGCATTGAG‑TTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACA > CP000730/76163‑76427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |