Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 1,539,250 C→G intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_1405 chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,539,2500CG100.0% 99.9 / NA 35intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_1405chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (15/20);  total (15/20)

ATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAA  >  CP000730/1539124‑1539374
                                                                                                                              |                                                                                                                            
ataATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                                                      >  1:322111/1‑135 (MQ=255)
  aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCCACCTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                    <  2:248038/135‑1 (MQ=255)
            taaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                          >  2:527739/1‑135 (MQ=255)
            taaAAATGATTAGCCGTTTAAATATAATCGTAACGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                          >  1:590888/1‑135 (MQ=255)
             aaaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                         <  1:359493/135‑1 (MQ=255)
              aaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAATTGGTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                                                        <  1:524713/135‑1 (MQ=255)
                attGATTAGCCGTTTTAATATAATCTTATCGCAACTTTAGCAAAACATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                      <  2:612290/133‑1 (MQ=255)
                aaTTATTATCTGTTTTAATATAATCGTATCGTAACTTTAGCAAATAATAGACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                      <  2:305068/135‑1 (MQ=255)
                    aTTTGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAATTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATCCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata                                                                                                  <  2:37702/135‑1 (MQ=255)
                         ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtataata                                                                                             >  2:677406/1‑132 (MQ=255)
                          cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACata                                                                                            <  2:53698/135‑1 (MQ=255)
                                         gTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                             <  2:521272/135‑1 (MQ=255)
                                             cGCAACTTTAGCAAATAATATACTAACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtat                                                                         >  1:180421/1‑135 (MQ=255)
                                              gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTACTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtata                                                                        <  1:267460/135‑1 (MQ=255)
                                              gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACGACATTTCTTAATACAAAAGAACAAACAGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGGTTAAAAAAATTATGATATTGAAAAATACCTATGTTAAACGCGTTTATtata                                                                        >  2:124389/1‑135 (MQ=255)
                                              gCAACTTTACCAAATAATCTACAGACTACATTTCGTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAACATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtata                                                                        <  2:185530/135‑1 (MQ=255)
                                                 aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                                                                     >  1:592936/1‑135 (MQ=255)
                                                   tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTg                                                                   >  2:259081/1‑135 (MQ=255)
                                                   tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAATTTg                                                                   >  1:329716/1‑135 (MQ=255)
                                                                ataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAatat                                                      <  2:590888/135‑1 (MQ=255)
                                                                  ctcgACTACATTTTTTAATACAAGAGAACGCTCAGTTAATTATTAAGAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCTCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                    <  2:37047/132‑1 (MQ=255)
                                                                    tGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGTGTTGAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATATTTTGACTTCAAAAATATAATc                                                  <  1:454053/135‑1 (MQ=255)
                                                                    tGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATc                                                  <  2:310181/135‑1 (MQ=255)
                                                                    tGACTACATTGCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGTTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATAGAATc                                                  <  1:139605/135‑1 (MQ=255)
                                                                      aCTACATTTCTGAATACAAAAGAATAAACTTTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCaa                                                >  2:80631/1‑135 (MQ=255)
                                                                                 tAATACAAAAGAACGAACTGATAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTa                                     >  1:172411/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAatat                      >  1:191994/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                aacTGGTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGATTAAAAAAAATATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATCCATAAAAAttaa                      >  2:538782/1‑134 (MQ=255)
                                                                                                       aaTTATTAATAAAGTTAATGAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATATATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag               >  2:554386/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                       aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag               <  2:67098/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                            ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCa          >  1:555961/1‑135 (MQ=255)
                                                                                                                 aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTACGCGTATCATTAAGACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAATAATATAAATGAGAGGCAGtaga     <  1:126861/135‑3 (MQ=255)
                                                                                                                 aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAACATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaa    <  1:269372/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa  <  1:540272/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa  <  2:322111/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                                              |                                                                                                                            
ATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAA  >  CP000730/1539124‑1539374

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: