| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,002,200 | T→G | M173R (ATG→AGG) | mecA2 → | competence negative regulator MecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,002,200 | 0 | T | G | 95.5% | 133.4 / NA | 44 | M173R (ATG→AGG) | mecA2 | competence negative regulator MecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (15/27); minor base A (2/0); total (17/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACT > CP000730/1002069‑1002331 | tcaaCGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGt > 1:161533/3‑135 (MQ=255) aaaCGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTTAAGATTTGTTTTATAGGGtt < 1:306387/135‑1 (MQ=255) aaaCGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGtt < 1:84289/135‑1 (MQ=255) tCAAAAGTCGTCAGCGCGTAAAAATACAAGAACAATCATGGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGATTTTTAAGATTTTTTATATAGGGTTGATgg < 1:423394/135‑1 (MQ=255) 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TAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGTTATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACT > CP000730/1002069‑1002331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |