| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,337,959 | C→T | 100% | intergenic (‑125/‑119) | adhR ← / → USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 100.0% | 291.7 / NA | 90 | intergenic (‑125/‑119) | adhR/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (72/18); total (72/18) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > CP000730/2337822‑2338096 | cttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAGAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTGATTATTTTATTACTCAAATTCTAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATAtt > 1:293180/1‑141 (MQ=255)cttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAtt > 2:340498/1‑141 (MQ=255) tAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTct > 1:627501/1‑140 (MQ=255) ttGCGACTATCCTTTCAGTTATTTATGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATACGTGTCTTTTTTAACATTTTCTCTTTCATCGTTTTTa > 2:159501/1‑141 (MQ=255) ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa > 1:733439/1‑141 (MQ=255) ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa > 2:219625/1‑141 (MQ=255) gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTTTCTCTTTTTTAACGTTTTATTTTTCATCGTTTTTatt > 1:204252/1‑139 (MQ=255) gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt > 2:116776/1‑141 (MQ=255) ctaCTATCCTTTTACTTATGTTTGGTCGTCTATAGTAATGTTGCTTTATATATTGTAATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTCATCGTTTTTaaaa < 2:154425/139‑3 (MQ=255) aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTat > 2:550765/1‑140 (MQ=255) aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTat > 2:61583/1‑140 (MQ=255) aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTAc > 2:559474/1‑141 (MQ=255) tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACtt < 1:276748/141‑1 (MQ=255) tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTa > 2:43132/1‑141 (MQ=255) cttttCAGTTATTTTTGGTCGTCTAAAGTGATGTTGCTTTATATATTGTCATTTTCGTTTGAATTCTTCTTATTTTTTTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTCATTACTTTaa < 2:770105/139‑1 (MQ=255) ccTTTCAGTTATGTTTCGTCGTTTAAAGTAATGTTGCTTTCTATATTGTCTTCTTCGTTTGCACACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTGTGTAATTACTGTaa < 2:85686/141‑1 (MQ=255) ttCAGTTATGTTTGGTCGTGTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTCTTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaaa < 1:21106/141‑1 (MQ=255) ttCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaaaa > 2:639524/1‑141 (MQ=255) tCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAAt < 1:627276/141‑1 (MQ=255) aGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAGTTACTTTAAAAAttt > 2:503826/1‑140 (MQ=255) aTGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGCCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACGTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtata > 1:283944/1‑141 (MQ=255) tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATaa > 1:151605/1‑141 (MQ=255) tGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTAATCGTTTTTAATTAATTTAAAAATTGAATaa > 2:530653/1‑141 (MQ=255) tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCCTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 1:516191/1‑141 (MQ=255) tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt < 2:296356/141‑1 (MQ=255) cTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATTTCCTTTAAAAATAGTATAACTAAAATAttt > 2:142636/1‑141 (MQ=255) caaaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTTTATAACTTAAATATTTa > 2:122109/2‑141 (MQ=255) aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTATATAATTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa > 2:745821/1‑141 (MQ=255) aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa > 1:674968/1‑141 (MQ=255) aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa > 2:483494/1‑141 (MQ=255) gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 1:282990/1‑141 (MQ=255) gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAAt > 1:289200/1‑141 (MQ=255) gTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTATTATATTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATCGTATACCTTACATATTTAAAAt > 1:651384/1‑141 (MQ=255) aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTCACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATGTTCTAACTTAAATATTTAAATTgt > 2:122587/1‑140 (MQ=255) gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAGTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTTATTCTTTTAAATGatat > 1:519947/1‑141 (MQ=255) tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa > 1:27152/1‑141 (MQ=255) ttATCTAGTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATCTTAGATCGCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATCGTATAACTTACATATTTAGAATGATATATTccc > 2:707157/1‑139 (MQ=255) ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc > 1:691615/1‑141 (MQ=255) tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt > 1:337980/1‑141 (MQ=255) ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt > 1:393563/1‑141 (MQ=255) ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt > 1:294566/1‑141 (MQ=255) caacatagagtGAATACTTCTTATTTTATTAACCAAATATAAATTAATAACTCAGTGGACACTTGATATTTCAGCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGata > 2:744451/11‑141 (MQ=255) aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa > 2:713748/1‑141 (MQ=255) ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATATTCACTAAGATTGataattt > 2:39184/1‑139 (MQ=255) ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat > 2:682190/1‑141 (MQ=255) ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat < 1:706343/141‑1 (MQ=255) tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAGATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTGTAATAtt > 2:4964/1‑141 (MQ=255) tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 1:578530/1‑141 (MQ=255) tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 2:121478/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:78047/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:688255/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 1:138404/1‑141 (MQ=255) gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa > 2:143060/1‑141 (MQ=255) tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt > 1:33621/1‑141 (MQ=255) taaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt < 2:606743/140‑1 (MQ=255) gAATACTTCTTATTTTATTACTCAGATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAGTCACTAAGATTGATAATATTTAAttt > 1:493889/1‑141 (MQ=255) aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttt > 1:373096/1‑141 (MQ=255) aTACTGCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTATCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAATTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt > 2:606840/1‑141 (MQ=255) ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTCCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt > 2:116001/1‑141 (MQ=255) attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTGTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTa > 1:497836/1‑141 (MQ=255) attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTTATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTa > 1:682156/1‑141 (MQ=255) cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAAAATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAATTTGTATAACTTAAATATTTCAACTGATATAATCACTAAGATTGATAAGGTTTTATTTTTTGAAATTTATTTTTGTTACa > 2:559622/1‑141 (MQ=255) aatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt < 1:483494/141‑1 (MQ=255) aatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt < 1:745821/141‑1 (MQ=255) atttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtt > 1:708487/1‑141 (MQ=255) taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCTCTAAGCTTGATAATATTTAATTTTTTGACAATTATTTTAGTTGCAAttttt > 1:50931/1‑141 (MQ=255) taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATATTATTTTAGTTTCAAttttt > 2:20235/1‑141 (MQ=255) taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCAtttttt > 2:435669/1‑141 (MQ=255) taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCTAttttt > 2:21530/1‑141 (MQ=255) aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg > 2:739930/1‑141 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtattttg > 2:264702/1‑139 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 1:358920/1‑141 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:597341/1‑141 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAGTTTAGTTGCAAttttttg > 1:369607/1‑139 (MQ=255) aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATCTTTTCAAGATTAGTTTAGTTGCAATTTTAgg > 1:718776/1‑141 (MQ=255) tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGGGATAAGGTATGTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt > 1:637118/1‑141 (MQ=255) tGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa < 1:43132/141‑1 (MQ=255) tGTCCCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTGTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa > 1:526721/1‑141 (MQ=255) tttttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTTCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:341619/140‑1 (MQ=255) ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg < 1:639524/141‑1 (MQ=255) ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAt > 1:160037/1‑141 (MQ=255) aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg > 1:103950/1‑141 (MQ=255) aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg < 2:191690/141‑1 (MQ=255) aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg > 1:509868/1‑141 (MQ=255) aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGATGATGCGTAATATTTg > 1:135392/1‑141 (MQ=255) aCATTTTATATTCCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg < 1:116001/141‑1 (MQ=255) aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg > 1:657521/1‑141 (MQ=255) aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAAGTATTTTAGTTGCAATTTTTGTGTGGTGCGGAAAAGTTtgg > 1:123235/1‑141 (MQ=255) ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa < 2:160037/141‑1 (MQ=255) ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAAGATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa < 1:84276/141‑1 (MQ=255) | CTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA > CP000730/2337822‑2338096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |