| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,289,325 | C→A | 12.4% | Q55H (CAG→CAT) | ybbP ← | hypothetical membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,289,325 | 0 | C | A | 12.4% | 158.4 / 9.4 | 58 | Q55H (CAG→CAT) | ybbP | hypothetical membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/31); new base A (3/4); total (22/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
AAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTT > CP000730/2289187‑2289449 | aaaGCTACCTCTACCCAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTAATATTAAAGCTAATACCCTCCATTGAATAATGACATCGAATTATTTAGATGTTGTAATCACGATGAATATCATACTTCTctactt > 2:404396/1‑140 (MQ=255) gCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGAcc < 1:41299/141‑1 (MQ=255) gCTACCCCTACCAAGTCGATCTAACGCGCATCAAATTGCTGGTTGGAATACTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGAcc < 1:431695/141‑1 (MQ=255) aactctACCAAGTTCTTCTAACGCACGCCTAATTTCTGCTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCCAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAt < 2:243770/139‑1 (MQ=255) aCCTCTACCTAGTTGTTCTCACGCACGTCTAATTTCTTGTTGGAATATTACTATTATAGCTAATTCCCCCCATTTAATACCTATACCGAATAATTTAGATTTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTTCTGACCAAt < 2:211148/141‑1 (MQ=255) ctctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAAtca > 2:341557/1‑139 (MQ=255) tctACCAAGTTGTTCTAACGCTCGTCTGATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAAc < 1:433939/141‑1 (MQ=255) tctACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATACTTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCCCTATCATACGTATCTGCTGACCAATAAc < 2:492697/141‑1 (MQ=255) cgttggtCTAACGCACGTCTAATTTCTGTTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACt < 2:693964/140‑1 (MQ=255) cgttcttCTAACGAAACTCTAATTCCTGGATGTAATATTACTATGAAAGCTAATTCCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACt < 2:306698/140‑1 (MQ=255) aGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTACAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACt < 1:76643/141‑1 (MQ=255) gttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAata < 2:209031/141‑1 (MQ=255) aatccaaCGCACATCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAATGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAata < 2:516633/136‑1 (MQ=255) ttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAatat > 1:138446/1‑141 (MQ=255) ttCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAatat < 2:468730/141‑1 (MQ=255) ttCTAACCAACGTCTAATTTCTGGTTTGAATATTACTATTAAACCTAATACCCCCCATCTAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAatat < 2:207085/141‑1 (MQ=255) aCGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCGAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCtt > 1:643231/1‑141 (MQ=255) aCGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTTAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAg < 2:530182/141‑1 (MQ=255) ttAATTTCTTTTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAAt < 1:256274/140‑1 (MQ=255) tAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATACTTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAAATACTAATAGCCCTTCCAGTAAtt > 2:514484/1‑141 (MQ=255) tttGGAAGATTACTATTAAAGCTATTACCCCCCATTGAATAACGATATTGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCtt < 1:213594/140‑1 (MQ=255) gTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCtt < 1:217909/141‑1 (MQ=255) tGGAATTTTTCTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTa < 1:568141/141‑1 (MQ=255) tGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATAATACTTAACTGCTGACCAAAAACAATTACTAATTTCCTTTTAAGTACATGTaaccccgca > 2:243670/1‑133 (MQ=255) cTATTAAATCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTaa < 2:526158/141‑1 (MQ=255) tATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTaaa > 2:204661/1‑141 (MQ=255) tcaaaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGa < 1:83037/139‑1 (MQ=255) tAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGAc < 1:447256/141‑1 (MQ=255) aaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 2:434638/141‑1 (MQ=255) aaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 2:562847/141‑1 (MQ=255) aaGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCg < 2:59184/141‑1 (MQ=255) aGCTACTACCCCTCATTGATCAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGt < 2:196664/141‑1 (MQ=255) aGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTTAAGTTCGATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAATTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGt < 2:459526/141‑1 (MQ=255) aGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGt < 2:379496/141‑1 (MQ=255) gCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGtg > 2:568468/1‑141 (MQ=255) aCCCTCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATgaga < 1:188657/141‑1 (MQ=255) ccccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTGCCTTAAAGAACGTGATGagaa > 2:112781/1‑141 (MQ=255) cccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATAGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCCTGATgagaga > 1:85872/1‑139 (MQ=255) cccccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTAATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGagaag > 2:186693/1‑141 (MQ=255) cccccATTAAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTACAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGATGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAGGTAATGGTATAGCTTTACATCCCTTAAAAACCTGGATGagaaa > 2:98894/1‑140 (MQ=255) cccATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGataagaa > 1:280904/1‑140 (MQ=255) aTTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAAAAGATaaa > 1:153210/1‑141 (MQ=255) taaTAACGATATCGAAGAATATAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTAAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTa < 1:399147/140‑1 (MQ=255) gAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTa < 1:571172/141‑1 (MQ=255) ttAACGATATCGATTAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACa < 2:167170/140‑1 (MQ=255) aaCGATATCGAATAATTTTGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATa > 2:579999/1‑141 (MQ=255) cGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATAcc > 1:371207/1‑141 (MQ=255) cGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATAcc > 1:128927/1‑141 (MQ=255) cGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATAGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGAGAAAGTAcgagac > 2:430280/1‑136 (MQ=255) cGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTa < 1:516925/141‑1 (MQ=255) taatTTAGATGTTTCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAg < 1:481727/141‑1 (MQ=255) aatTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGATCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGATTTATTTCCCTTAATGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGt < 1:576357/141‑1 (MQ=255) tAGATGTTGCATTCAGGTTCAATATCATACGTATCTGCTGACCAATAACAATTACGAATATACCTATAGGGAATTGTAACGCTTTGGTTGCATTAAGGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAACCTATCGATAAAt > 2:174672/1‑141 (MQ=255) aGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAAACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACAAAACTCTCAGTAAATc > 2:343839/1‑141 (MQ=255) tGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGAt < 2:138446/141‑1 (MQ=255) gTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTc > 1:685667/1‑141 (MQ=255) aaGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGtt > 2:566660/1‑141 (MQ=255) aaGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGtt > 2:521290/1‑141 (MQ=255) atatTATACTTATCGGGTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAAttt < 2:672938/141‑1 (MQ=255) | AAAGCTACCTCTACCAAGTTGTTCTAACGCACGTCTAATTTCTGGTTGGAATATTACTATTAAAGCTAATACCCCCCATTGAATAACGATATCGAATAATTTAGATGTTGCAGTCAAGTTCAATATCATACTTATCTGCTGACCAATAACAATTACTAATATCCCTTTAAGTAATTGTATCGCTTTAGTTCCCTTAAAGACCGTGATGAGAAGATAAAGTACATACCAAACTATCAGTAAATCAAGGATACTCGTTACAATTT > CP000730/2289187‑2289449 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |