| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,709,906 | C→A | 46.2% | E341* (GAA→TAA) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,709,906 | 0 | C | A | 46.2% | 19.5 / 78.5 | 73 | E341* (GAA→TAA) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/22); new base A (14/19); total (30/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
TAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTAAAAATTTA > CP000730/2709769‑2710042 | taGGATCACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCtat < 1:185007/141‑1 (MQ=255) gATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTAtataat > 2:102165/1‑141 (MQ=255) taactaacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAACCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTACCAAAAATTCtatcatat > 2:471271/1‑141 (MQ=255) aactaacCCTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTatataatata < 2:535324/141‑1 (MQ=255) aactaacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTatataatata < 1:339749/141‑1 (MQ=255) actaacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATATCtataatctaa > 2:56715/1‑141 (MQ=255) aacACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACg > 1:669684/1‑141 (MQ=255) acacTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGt > 2:519400/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATAcg > 1:578695/1‑140 (MQ=255) ttCTAGCAAATTGACTCTTCTTTTCAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAACTTCTATAATATAAACGTATACCg < 2:118123/141‑1 (MQ=255) tAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGAATACCGGTa > 2:229186/1‑141 (MQ=255) gCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTAtt < 2:501130/141‑1 (MQ=255) acAAATTGCCCCTTTTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTTTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCATCCACTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTAtt < 2:547980/140‑1 (MQ=255) cAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTAttt < 1:6952/141‑1 (MQ=255) cAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAAATTCAGCCAATAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATAAAACCGTATACCGGTAgtt > 2:158668/1‑141 (MQ=255) aaTTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGt < 2:358768/141‑1 (MQ=255) aaTTGCACCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATCCTTTGTAGTCGTATACCGGTATTTGt < 2:668888/141‑1 (MQ=255) ttGCCTCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTcc < 1:519233/141‑1 (MQ=255) tGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCt < 1:86322/141‑1 (MQ=255) ccccTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTg > 1:461683/1‑141 (MQ=255) cccTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGt > 1:439664/1‑141 (MQ=255) ccTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACCATACTTATAACAGCGAAACGTATACTGGTATTTTTCCTTGTa > 2:486829/1‑141 (MQ=255) tcgcttttAGTTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTGCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCACTAACGCTGTTAACCAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACg < 1:309668/137‑1 (MQ=255) cttTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGta > 1:209548/1‑141 (MQ=255) ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaat < 2:445270/141‑1 (MQ=255) ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaat > 1:127175/1‑141 (MQ=255) ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTTTACGtaaa > 1:122866/1‑140 (MQ=255) ttttAGGTAAAAATGCAAAAGCCTTAAATCCTTTTTTACGTTTAGGTGTTTCAATAACGCGATACGAAATTTCAGACATTAACGCTGTTAACATAGTTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaat < 2:116070/141‑1 (MQ=255) ttAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTCACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGtaataa < 2:22017/141‑1 (MQ=255) ggTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTg < 1:342865/141‑1 (MQ=255) gTAAAAATTCAAAATCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGt < 1:225033/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTc > 2:679790/1‑141 (MQ=255) cAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACaaaaa > 2:103912/1‑141 (MQ=255) cAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACaaaaa > 1:98834/1‑141 (MQ=255) aaaaGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAAc > 2:151611/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTTAATTTCTTTTTTACGTATAGGTGATTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAAATGTTCAAAAAAACa < 2:439664/141‑1 (MQ=255) aaGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATGGGTGTTACAATAAAGCGATACGAAATTCCAGCTATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATAACGGTATTTGTATTTGTACGTTATAACTCTAAAAAAAAACaa < 2:118117/141‑1 (MQ=255) aaGCTTGAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCCTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACaa < 1:447836/141‑1 (MQ=255) tAAATCTTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGAGATACTAAATTTCAGACATTACTGCTTTTATGAATATTCTTATATTATTAACGTATACCTGTATTGGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAGCCAATGATAg < 2:336000/141‑1 (MQ=255) tAAATCCTTTTTTAGGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAg < 1:23699/141‑1 (MQ=255) tAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACACAAACAATGATAg < 1:490479/141‑1 (MQ=255) taaTCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACTTATACCGGTATTTGTCCTTGTAAGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGTTAgg < 2:423575/140‑1 (MQ=255) aaaTCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAgg < 2:196688/141‑1 (MQ=255) tCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATa < 1:75032/141‑1 (MQ=255) cttatcaagTATACGTCTTCCAATAAAGCGATACGAAATTGCATCCAGTAACGGTGGTAACAAAATTTCTATAATATCAACGTATACCCGTATTTGTCCTTATCCGTAATAACTGTTCATAAAAACAATGATAGGATAATg < 2:444745/133‑1 (MQ=255) tttttACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGc < 1:45080/141‑1 (MQ=255) tACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATa < 1:526805/141‑1 (MQ=255) tACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATa < 1:477927/141‑1 (MQ=255) aCGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATaa > 1:637508/1‑141 (MQ=255) tataGGTGTTTCAATAAGGCGATACGATATTGCTGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAGCGTATACCGGTATTGGTCGTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAAAAATGATAGGATAATGACAAACGta > 2:635346/1‑141 (MQ=255) tCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAAAAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTatat > 2:38200/1‑141 (MQ=255) aTAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAACTTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGAt < 1:200350/141‑1 (MQ=255) tcGATACAAAATTTCAGCCACTAACGGTGTTAACATAATTTTTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATATAGCCAGTAGTATAAGCTATATGATCGttt < 2:492244/140‑1 (MQ=255) gCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGttt > 1:454703/1‑141 (MQ=255) gCGATACGAAATTTCAGCCATTAAAGCTGTTAACAAAATTTATATAATATAAACGGAGACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGttt < 2:135136/141‑1 (MQ=255) 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2:476585/140‑1 (MQ=255) tGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACt > 2:24798/1‑141 (MQ=255) gTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTACACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACtt < 2:362420/141‑1 (MQ=255) tAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATTCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaa < 1:103912/141‑1 (MQ=255) tAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaa < 1:109349/141‑1 (MQ=255) tAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaa < 2:98834/141‑1 (MQ=255) aCAAAATTTATATAATATAAACGTATACCGGTACTTGCCCTTGTACGTAATAACTGCTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGTTCGTTTACCTATAATTATTAAAGGTTTCATACTTaaaa > 2:205533/1‑141 (MQ=255) aaaaaTTTATATAATATAAACGTATACCGGTATTTTTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTaaaaa < 1:217898/140‑1 (MQ=255) aTTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTAAAAATTTa > 2:136780/1‑141 (MQ=255) | TAGGATAACTAACACTGTTCTAGCAAATTGCCCCTTCTTTTTAGGTAAAAATGCAAAAGCTTTAAATCCTTTTTTACGTATAGGTGTTTCAATAAAGCGATACGAAATTTCAGCCATTAACGCTGTTAACAAAATTTCTATAATATAAACGTATACCGGTATTTGTCCTTGTACGTAATAACTGTTCACAAAAACAATGATAGGATAATGCCATAAGTATAAGCTATATGATCGTTTACCTATAATTAGTAAAGGTTTCATACTTAAAAATTTA > CP000730/2709769‑2710042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |