| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,105,994 | T→C | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 97.8% | 293.7 / NA | 90 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (42/45); minor base A (2/0); total (45/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATT > CP000730/1105859‑1106131 | tGACCACAGACAAATTGATTGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGt < 1:7989/141‑1 (MQ=255) cccACATACAAAGTGATTGTGCACGTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa < 2:722254/140‑1 (MQ=255) cccACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAACCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa < 2:908929/140‑1 (MQ=255) aCCACAGAGAAAGTGATGGGGCAACTGGCCAAAATGCAAGGAATCAGATTAAGCGTGTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTGGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTaa < 2:779216/141‑1 (MQ=255) 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tACCATAGTAAACTTAGCAAGTCAGGGTTGATACGTTGCAGTAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 2:11751/141‑1 (MQ=255) | TGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATT > CP000730/1105859‑1106131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |