Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 1,539,250 C→G intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_1405 chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007301,539,2500CG98.0% 163.5 / NA 51intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_1405chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (1/0);  new base G (23/27);  total (24/27)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAA  >  CP000730/1539119‑1539374
                                                                                                                                   |                                                                                                                             
atcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                                                                     >  2:552773/1‑141 (MQ=255)
 tcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                    <  1:791508/141‑1 (MQ=255)
 acatATAACCATTAACTAAAAATGATTAGCCGTTTTAACATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa                                                                                                                    <  1:357192/140‑1 (MQ=255)
            ttaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTATTAAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                         >  2:429723/1‑141 (MQ=255)
             taattaaAAATGATTAGCAGTTTTTTGATAATCGTGTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                                                        >  1:987684/1‑141 (MQ=255)
              aagtaaAAATGATTAGTCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAATAACGAACTGTTCATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTa                                                                                                       <  1:33673/138‑1 (MQ=255)
                 taaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                    >  1:770356/1‑141 (MQ=255)
                 taaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                    >  2:43836/1‑141 (MQ=255)
                  aaaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAat                                                                                                   >  1:483635/1‑141 (MQ=255)
                      aTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCCAATCCCGCAGTATTCACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                                                               <  1:718944/141‑1 (MQ=255)
                      aTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtataa                                                                                               >  2:950460/1‑140 (MQ=255)
                      aTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                                                               <  1:299839/141‑1 (MQ=255)
                      aTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAAATGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                                                               <  2:132079/141‑1 (MQ=255)
                          ttAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat                                                                                           <  2:662533/141‑1 (MQ=255)
                                gTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCACTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                     >  2:281922/1‑141 (MQ=255)
                                   ttattaTAATTGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAAGCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAgcgc                                                                                  <  2:947326/141‑1 (MQ=255)
                                     aaTATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATCCATATGTTAAGGGCtt                                                                                >  1:301817/1‑141 (MQ=255)
                                       tataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACGAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTACGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtttt                                                                              >  1:665209/1‑141 (MQ=255)
                                       tataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtttt                                                                              >  2:116958/1‑141 (MQ=255)
                                       tataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAAATATGTTAAGCGCtttt                                                                              >  2:466565/1‑141 (MQ=255)
                                       tataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCATTTAAAAAAATTATGTTATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtttt                                                                              >  2:157910/1‑141 (MQ=255)
                                       tataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATAAAAAAGAACGGACTGTTAATTTTTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtttt                                                                              >  2:288/1‑141 (MQ=255)
                                        ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGCTATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                             <  1:368679/141‑1 (MQ=255)
                                        ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACAGTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                             <  2:141226/141‑1 (MQ=255)
                                           aTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGCCACGGCTAAAAAAGTATGATGTTAACATAGACATATGTTAAGCGCTttttttt                                                                          >  1:225498/1‑140 (MQ=255)
                                              gTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtatat                                                                       >  2:825485/1‑140 (MQ=255)
                                                  cGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTg                                                                   >  2:24066/1‑141 (MQ=255)
                                                    cAACTTTAGCAAATGATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGAc                                                                 >  2:674103/1‑141 (MQ=255)
                                                      acgttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt                                                               <  2:947184/138‑1 (MQ=255)
                                                      aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACGGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt                                                               <  2:708340/141‑1 (MQ=255)
                                                        tttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTACAATATACATATTTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCa                                                             <  1:885415/141‑1 (MQ=255)
                                                                     ttacttactACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCaa                                                <  2:887807/140‑1 (MQ=255)
                                                                      taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                               <  2:303759/141‑1 (MQ=255)
                                                                      taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAtt                                              >  2:717490/1‑141 (MQ=255)
                                                                        cTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATATAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTc                                             >  2:638035/1‑141 (MQ=255)
                                                                        cTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTc                                             <  1:619118/141‑1 (MQ=255)
                                                                            cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtttt                                         <  1:890309/141‑1 (MQ=255)
                                                                              aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAc                                       <  2:483635/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   tCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATa                                  >  1:529016/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa                                <  1:393950/141‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa                                <  1:281107/141‑1 (MQ=255)
                                                                                     ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa                                <  1:786115/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           cAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaa                          >  2:668677/1‑141 (MQ=255)
                                                                                            aaaaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaaa                         <  1:552773/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              aaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                       <  1:616755/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              aaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACAAATGTTAAGCGATCTTTGTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                       <  1:982226/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                    gaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg                 >  1:721031/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    gaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAATGCGGGTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg                 >  1:986639/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                     aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGCTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATga                <  1:24066/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa  <  1:429723/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                   aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAACATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa  <  1:643592/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                   |                                                                                                                             
ATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAA  >  CP000730/1539119‑1539374

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: