| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,027,751 | C→G | V66L (GTA→CTA) | vraS ← | sensor histidine kinase VraS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,027,751 | 0 | C | G | 98.4% | 188.8 / NA | 61 | V66L (GTA→CTA) | vraS | sensor histidine kinase VraS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (41/19); minor base A (1/0); total (42/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAG > CP000730/2027617‑2027888 | tgtattgtatAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAAcc < 2:640540/141‑1 (MQ=255)tgtATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAAcc < 2:223422/141‑1 (MQ=255)tgtATGGTATAAATCTAACGTTTCACCATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAAcc < 1:610699/141‑1 (MQ=255) aTGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACcaac < 1:740705/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTAAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATatg > 1:249009/1‑141 (MQ=255) cACTATATATTTCTATATTTTGATCATTATTGGCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGTTTGATTTTGTAAGCGAGAGACGAACCAACAATAATACACAAAAatataa > 1:236978/1‑139 (MQ=255) aCTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATATAGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATatgag > 1:428542/1‑140 (MQ=255) atTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATgaga < 1:958726/141‑1 (MQ=255) ttttGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaaa > 2:589804/1‑140 (MQ=255) ttGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataa > 2:818445/1‑141 (MQ=255) ttGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataa > 2:34122/1‑141 (MQ=255) tGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaa > 2:864747/1‑141 (MQ=255) gATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACGAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaa > 2:509368/1‑141 (MQ=255) gATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTtaaaaataaaa > 2:89661/1‑141 (MQ=255) tAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACCCAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATACAAAAACTg > 2:60302/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAat > 2:147391/1‑141 (MQ=255) gTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAat > 2:854820/1‑141 (MQ=255) tttCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGAATTCCGAata > 1:548172/1‑141 (MQ=255) cGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATAttt > 1:197170/1‑141 (MQ=255) cGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATAttt > 1:223400/1‑141 (MQ=255) cGCCTTCAATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAGGCCAAGCATTTTGACAATTGATTTTACAACCGATTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACAGGAATTCCGAATAttt > 2:701695/1‑141 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGTTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACGCTATAATATGATGATGAGATTGAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtgt > 2:544701/1‑141 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTtgt > 2:842695/1‑141 (MQ=255) ccTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATACAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAAACAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATAttttt > 2:477592/1‑139 (MQ=255) tcgaTTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCCTTTTGCTGATTGCGTTTGTAAGCGAATCGCGCACCACCAATAACACACACAAATATGATACTGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTACGAATATTGGTGta > 2:481352/4‑141 (MQ=255) aCGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATCTTTGTGTATAAAACAt < 1:493021/141‑1 (MQ=255) 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1:516821/1‑140 (MQ=255) tgattgatTTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTCCAAAACCTCTa > 2:828682/1‑141 (MQ=255) ttgattTTGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCg > 1:540220/1‑141 (MQ=255) tGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACa > 1:349182/1‑141 (MQ=255) tGTAAGCGAGTAGCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACa > 1:349219/1‑141 (MQ=255) gTAAGCGAGTCGCGAACCAACAATAATACACAACAAACTGATGTTGGGATTTAAAAATAACAAAACTGGAATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATAGATGAACaa > 2:408743/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) | TGTATGGTATAAATCTAACGTTTCACTATATATTTCTATATTTTGATCATTAATGCCAACTGTTTCGCCTTCCATTGAACGCTCAATTTGCGTCTTAATCCAATCATTTTGCTGATTGATTTTGTAAGCGAGTACCGAACCAACAATAATACACAATAATATGATGATGAGATTTAAAAATAAAAAAACTGGTATTCCGAATATTTGTGTATAAAACATACCTTGAAAATAGATGATATTTACAAAAACTTTATCGATGAACAGAAATGCAG > CP000730/2027617‑2027888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |