| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,279,705 | G→A | intergenic (+1373/+6659) | mtlD → / ← glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,279,705 | 0 | G | A | 98.0% | 283.7 / NA | 99 | intergenic (+1373/+6659) | mtlD/glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (57/39); total (57/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTG > CP000730/2279568‑2279837 | ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGCCTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg > 2:713054/1‑141 (MQ=255)ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGGGGTTTATCCTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg > 2:295014/1‑141 (MQ=255)tggtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtg < 2:134173/139‑1 (MQ=255) gtgCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgtt > 2:229855/1‑141 (MQ=255) 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tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGtgttgt < 2:554382/141‑1 (MQ=255) tACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGtgttgt > 1:57564/1‑141 (MQ=255) aCATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTCTTATTTGGTGTTGTc > 2:524167/1‑141 (MQ=255) tCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGATTGCGGCGTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGga < 1:229855/141‑1 (MQ=255) cGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCggcg > 2:468450/1‑139 (MQ=255) cGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGgag > 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1:542445/1‑141 (MQ=255) aTCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TGCACCTGTTGCCGCATCACTGTTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTCCTTTGCCAGTAGCTGTCGTCTCAGCTACGTTTGGTTGTCCAGGACTTTCTGgtgt > 2:335403/1‑141 (MQ=255) aTCATTTGCATAATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTGTTGTTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAACTGTCGTCTCAGATACGTTCGGTTGTCCAGTATTTTCTGgagt > 2:365294/1‑141 (MQ=255) aTCAATTGCATCATCAGTTTCTGATGTTACTGTTGT‑TTTACCTCTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGGGAAGCGCCTGCTTCGACATCAGGTGTCGCCTCAGATACGTTAGGTTGTACAGTATTTTCTGgggt > 2:424949/1‑141 (MQ=255) aTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGc < 1:295014/141‑1 (MQ=255) aTTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGCTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGc < 1:713054/141‑1 (MQ=255) atcaGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTGGGTCTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCACATACGTTAGGTTGTCCAGTAGTTGCTGGTGTTGCATTAGCAtt > 2:88657/1‑141 (MQ=255) aGTTGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTTTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGa < 2:132278/141‑1 (MQ=255) ttGCTGATGTTACTGATGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAt > 1:739866/1‑141 (MQ=255) tGCTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAAtt < 2:574317/141‑1 (MQ=255) cTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGCGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTCTTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTg > 1:880719/1‑141 (MQ=255) cTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTg > 1:133454/1‑141 (MQ=255) cTGATGTTACTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTg > 2:92931/1‑141 (MQ=255) | TTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGT‑TTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGTTGTCGGAGAAGCGTCTGCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTG > CP000730/2279568‑2279837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |