Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 707,909 A→T M1M (TTG→ATG) † mntB ← ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730707,9090AT100.0% 217.0 / NA 71M1M (TTG→ATG) †mntBABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (28/43);  total (28/43)

TGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA  >  CP000730/707774‑708045
                                                                                                                                       |                                                                                                                                        
tGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATACCGACCTTGTGTTAGGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATAAGtt                                                                                                                                     >  1:230819/1‑141 (MQ=255)
      gggAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCGATGATACGAATTATTTCGACGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTTTAACATACGTTTATAcc                                                                                                                               >  2:212452/1‑141 (MQ=255)
      gggAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcc                                                                                                                               >  2:468434/1‑141 (MQ=255)
          aggtttACCAGCCCCATTCGGGCCAATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCGAAAAACACATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATAcctcct                                                                                                                           <  2:621809/138‑1 (MQ=255)
              ttACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAAtt                                                                                                                       >  1:580677/1‑141 (MQ=255)
                aCCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTaa                                                                                                                     >  1:909605/1‑141 (MQ=255)
                     cACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGtt                                                                                                                <  2:141915/141‑1 (MQ=255)
                         aTTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAgg                                                                                                            >  1:748438/1‑141 (MQ=255)
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                                 ccATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCta                                                                                                    >  1:204166/1‑141 (MQ=255)
                                 ccATGATACCAATTACTTCGCCACGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAAccaa                                                                                                    >  1:988808/1‑139 (MQ=255)
                                   aTGATACCTATGATTTCTCCGGGTAATGGAATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATTTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCtaat                                                                                                  <  2:79555/141‑1 (MQ=255)
                                      acagcAATTATTTCGCCGTTTACTGGTATCGATAAGGAAATGGTTTTCAGTGCATGCTTAATACCTAAAAAAAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTAAGGCTAACctaactaa                                                                                               <  2:658828/137‑1 (MQ=255)
                                        aCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGTCTAACCTaattaatt                                                                                             >  2:366638/1‑141 (MQ=255)
                                        aCCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTaattaatt                                                                                             >  2:703232/1‑141 (MQ=255)
                                            attattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat                                                                                         <  1:915657/141‑1 (MQ=255)
                                            attattGCGCCGCGTACGGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtat                                                                                         <  1:517829/141‑1 (MQ=255)
                                             ttattTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGtata                                                                                        <  1:388620/141‑1 (MQ=255)
                                                           aCTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATCTAAATCTATTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAata                                                                          >  2:796526/1‑141 (MQ=255)
                                                                 aTCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATc                                                                    <  2:580677/141‑1 (MQ=255)
                                                                      tAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTc                                                               >  2:318660/1‑141 (MQ=255)
                                                                       caGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTCCCGAAAAACAGATTTAAATCTGTTGTTTCTAACATACGTTTATACCCCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCa                                                              <  1:449122/140‑1 (MQ=255)
                                                                        aGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCaa                                                             <  2:748438/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCTTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGGGAAGATTTATCATGTCAAg                                                            <  1:742172/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCTTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGCGAATATTTATCATGTCAAg                                                            <  1:742231/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGTCAACGTACTTAATAGTATACGATGCTTAGAAGATTTATCATGTCAAg                                                            <  2:456507/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTATCCTAATTAAGTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg                                                            <  2:186242/141‑1 (MQ=255)
                                                                         ggAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAACTGTCGTATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAg                                                            <  1:987108/141‑1 (MQ=255)
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                                                                          gAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGt                                                           <  1:624478/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCCAGTa                                                          <  1:678789/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa                                                          <  2:570871/141‑1 (MQ=255)
                                                                           aaaTGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTAATAACTGACATACCTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTa                                                          <  1:677768/141‑1 (MQ=255)
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                                                                              tGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAAt                                                       >  1:464536/1‑141 (MQ=255)
                                                                                   ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg                                                  >  2:424201/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                   ttAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTCAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAATCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTg                                                  <  1:667055/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                    tAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGa                                                 >  1:903033/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                              cTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAg                                       <  1:122615/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                tattaCCTAAAAAAAGATTTAAGTCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc                                     <  1:227479/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                tagtaacTAAAAATAAATTTAAATCTTTTGTTTCCAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGAc                                     <  1:829259/135‑1 (MQ=255)
                                                                                                  ttaCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACaa                                   <  1:268954/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                    aCCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatg                                 <  1:212452/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                         aaaaCAGATTTCAATCCTTGGCCTCCAACATACGTTTATCCCTCCCCATTAAAAGTTTAGGCTAAACTAATTAATTGCATAATAAACTGATAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgt                            <  1:266260/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                         aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgt                            <  1:636702/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aaaaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTAGTGATATAATATAGACAatgtatgt                            <  2:627836/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAatgtatgcag                          >  1:222482/1‑138 (MQ=255)
                                                                                                           aaCAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGa                          >  2:795617/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGa                     >  1:417448/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                aTTTAAATCTTTTGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGa                     >  1:590513/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   ttaaTCTTTTGTTTCTACCATACGTTTAGACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAg                  <  2:900366/139‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                           ttGTTTCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAAAGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTaa          >  2:836636/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                tCTAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaa     <  1:897381/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tAACATACGTTTATCCCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACACTGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga   <  1:854964/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga   <  2:884059/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga   <  1:249997/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                  tAACATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCAAGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaaga   >  1:669433/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa  >  1:155028/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   aaCATACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTgaagaa  >  1:49593/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                       |                                                                                                                                        
TGATAAGGGAAGATTTACCAGCACCATTCGGGCCCATGATACCAATTATTTCGCCGCGTACTGGTATCGATAAGGAAATGTTTTTAAGTACATGCTTATTACCTAAAAACAGATTTAAATCTTTTGTTTCTAACAAACGTTTATACCTCCTAATTAAAAGTTTAGGCTAACCTAATTAATTGTATAATAAACTGAGAATATTTATCATGTCAAGTAAATTCGTGATATAATATAGACAATGTATGTGAGGTGAAAGTATGTTAACTGAAGAA  >  CP000730/707774‑708045

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: