| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,002,200 | T→G | M173R (ATG→AGG) | mecA2 → | competence negative regulator MecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,002,200 | 0 | T | G | 98.6% | 251.1 / NA | 73 | M173R (ATG→AGG) | mecA2 | competence negative regulator MecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (23/49); total (23/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGT‑TATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTAT > CP000730/1002063‑1002333 | atgatCTAAACGTCAAAAGTCTACAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGT‑TATTAATTATGCAGATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGt < 2:228783/137‑1 (MQ=255)aGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGT‑TATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGt < 2:882388/141‑1 (MQ=255)aGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAAGCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGT‑TATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGt < 1:289295/141‑1 (MQ=255)aGGTTCTAAACGGCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGT‑TATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGt < 2:228689/141‑1 (MQ=255) 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1:652323/141‑1 (MQ=255) tgattaTGCATATCATATCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAACATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCCGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGCCATTCATGATAGTTACAGTCAATTGCt < 2:385387/139‑1 (MQ=255) taattaTGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCt < 2:646068/141‑1 (MQ=255) taattaTGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCt < 1:817222/141‑1 (MQ=255) taattaTGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCt < 2:87267/141‑1 (MQ=255) taattaTGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCt < 1:423243/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTa > 2:820806/1‑141 (MQ=255) tCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATATTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTGAGGGTAGTTACAGTCATTTGCTTGATTTTGGttt > 1:33247/1‑140 (MQ=255) aTAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATAAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCACTGGCTGGAATTGACTTATc > 2:918472/1‑141 (MQ=255) aGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCa > 1:830631/1‑141 (MQ=255) cAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAac > 2:847504/1‑141 (MQ=255) tCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAacaga > 2:302371/1‑141 (MQ=255) cAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAacagaca > 2:173519/1‑141 (MQ=255) ttgagtACAGGGTTTGAAGTTTTGGTATATAGGGGTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAGGTCATGAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAAcagacaga < 2:385793/136‑1 (MQ=255) aTAATTATAGCGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATTCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAAcagacaga < 2:346703/141‑1 (MQ=255) aTAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAAcagacaga < 2:883149/141‑1 (MQ=255) aTAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGATGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAAcagacaga < 2:850414/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gATTTGTTATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAAt < 2:594483/141‑1 (MQ=255) ttATATAGGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTAt < 1:46171/141‑1 (MQ=255) | AGGTTCTAAACGTCAAAAGTCTTCAGCACGTAAAAATACAAGAACAATCATTGTGAAATTTAACGATTTAGAAGATGT‑TATTAATTATGCATATCATAGCAATCCAATAACTACAGAGTTTGAAGATTTGTTATATATGGTTGATGGTACTTATTATTATGCTGTATATTTTGATAGTCATGTTGATCAAGAAGTCATTAATGATAGTTACAGTCAATTGCTTGAATTTGCTTATCCAACAGACAGAACAGAAGTTTATTTAAATGACTAT > CP000730/1002063‑1002333 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |